简介:【摘要】随着信息技术的飞速发展,生物信息学技术已经广泛运用于病原生物学研究的各个领域,本文概述了生物信息学在病原生物的鉴定、致病机制、疾病诊断、药物研究和疫苗研发方面的应用。 【关键词】生物信息学;病原生物学随着基因组、蛋白质组数据库的完善,生物信息学运用于医学研究的各个领域成为一种必然趋势。在病原生物研究的各个方面,从病原生物鉴定、致病机制阐明,到疾病诊断、药物和疫苗研发,生物信息学技术都发挥着巨大的作用。 1、 生物信息学在病原生物鉴定中的应用 1.1在细菌鉴定中的应用细菌鉴定方法主要有表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类。随着生物信息学的发展,产生了一种分辨率很高的基因序列分析技术-多位点序列分析分型,这种通过DNA测序鉴定方法已经被证明比传统的生化分型和表型分型方法更加准确、快捷。
简介:介绍一些网络聚类算法及其基本原理,简述了其在生物信息学的应用。本文不是网络聚类算法的全面综述,只介绍这些网络聚类算法的基本思路,体会其数学建模的基本思想。
简介:摘要:生物信息学是生命科学、统计学、计算机科学和信息科学等多个学科的交叉学科,是一个以计算方法为手段,研究生命现象和解决生物问题的学科。交叉学科的学生培养涉及到多门学科知识的融合。教师的合理指导有利于帮助学生适应交叉学科的特点,激发学生的科研热情,培养学生的科研能力。关键词:生物信息学交叉学科学生培养一、生物信息学的产生生物学是一门古老的学科,在人类历史发展的长河中,人类从未停止过对生命奥秘的探索。人们逐渐认识到,虽然生物种类多种多样,但是它们的最基本分子却是相同的。DNA、RNA和蛋白质等分子构成了生命的基本单位,再由细胞到组织、器官,最后器官系统组成完整的生物体。传统的生物学研究中,由于受到技术水平的限制,生物学家多采用低通量的生物实验方法,其研究对象通常是一个基因或者几个基因组成的通路。在这种情况下,实验后的简单观察就可以满足研究需要。随着生物研究的不断深入,积累了大量实验数据,人们不禁想到,如何把不同的实验结果整合起来?另一方面,随着生物技术的发展,大量新兴技术出现,产生了海量的数据。例如90年代兴起的基因芯片技术,单张芯片就可以测定成千上万个基因在某一状态下的表达情况。1990年启动的人类基因组计划更为生命科学的研究提供了海量的序列数据。面对如此多的数据……
简介:摘要:目的 通过生物信息学途径,筛选肝癌差异表达基因,评估蛋白质相互作用并分析关键基因,从而寻找肝癌关键肿瘤标志物。方法 从GEO数据库中寻找与肝癌相关的数据芯片GSE32958,筛选并分析肝脏非肿瘤组织与肝肿瘤组织之间的差异表达基因(DEGs);利用DAVID在线数据库对 DEGs 行KEGG通路富集分析和GO功能富集;使用在线分析网站STRING和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用PPI网络,并分析其Top10关键基因。结果 得到由54个上调基因,140个下调基因组成的194个差异表达基因,通过蛋白质相互作用网络筛选出ASS1,TIMP1,ASL,GPT,SDS,IGF1,FTCD,AASS,ANXA5,CTH 10个关键基因,它们可作为肝癌关键肿瘤标志物,为早期监测肝癌病情发展提供可靠指标。结论 获取更多与肝癌发生转化相关的分子机制的生物学信息,作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗的分子靶点,并为临床剖析肝癌肿瘤标志物制定或更改最优的治疗方案。
简介:摘要目前,生命科学发展比较迅速,尤其是分子生物学模块,其知识、技术的更新更为迅速。经由人类基因组计划的落实,相关人员在蛋白质、 DNA等方面取得了一定成就。同时,网络以及计算机技术蓬勃发展,为生命科学带来了新的发展动力,并由此形成了新的学科,即生物信息学。文章探讨了生物信息学在动物遗传育种中的应用。 关键词生物信息学;动物;遗传;育种;应用
简介:摘要生物信息学作为一门新兴的交叉学科,有其独特的优势及发展空间,在今后的一段时间会更好地利用及发展。本文从生物信息学的产生,生物信息学的发展阶段以及各阶段的主要内容,生物信息学在微生物、农业、食品安全、医药等方面的应用,与生物信息学相关的学科等方面进行了论述。