较之于“医者意也”，当代医家更喜欢用“辨证施治”一词来表达中医的神韵，或者称其为中医“活的灵魂”。其要不外首先是对一位患者的具体病情加以详尽透彻、触及本质的分析，然后灵活地选择最佳治疗方案，而不是按图索骥地绳于经典、墨守成规地套用成方。的确，古今医家都极少妄发否定“古训经典、验方成法”之言，但他们的创新意识与创造结果，却在医案中得到了某种体现。他们引用经典之说来证明自创之法的合理性，用经学家的话说，这叫“六经注我”；与古训相悖时，则缄口不言，用史学家的话说，这叫“皮里春秋”。只有看清这一点，才能了解中医学内部“旧瓶新酒”的变化、发展过程；了解医案中蕴涵的医家之“意”为何；了解医案的价值何在。
谈到医案与辨证施治，则还有一事不妨顺带说明。即当近代西方医学传入之后，自然引出国人对于两种医学体系之异同、短长的思考与比较。就异同而言，通常认为“西医辨病，中医辨证”是其重要区别之一（这或许可说是“辨证施治”一词赖以成立的根本原因）。虽然中医界力陈“辨证”之科学与重要，但却缺乏足够的说服力，或者说“很难说清”。而医案的“档案”性质似乎在此又得到了某种发挥棗让事实作为中医的科学性、辨证的必要性的证明！高辉远等整理的《蒲辅周医案》似乎就隐含着如此苦心。其“整理的几点说明”中谈到：
“整理形式仍以中医为主，多采用中医病名，……如中医一个病，可能包括西医的几个病，同是中医的眩晕，而西医则有美尼尔氏综合征或高血压之分。西医一个病，也可能包括中医几个病，同是西医的乙型脑炎，而中医则有暑温或湿温之分……”：“蒲老治病的特点，特别强调辨证论治这个原则……”云云。
医案对于中医来说，无疑是一种教材。无论是自我研读，还是课堂授业，都不仅起到传播技艺的作用，而且还兼有通过“有验之事、可验之法”向后学与社会证明这个医学体系之可信性、增强信任的潜在功能。
六、反对者的意见
并非所有医家都支持“医者意也”的说法，然反对者的出发点却并不相同。大致有以下几种情况。
首先，唐代医家孙思邈虽在其著作中多次提到“医者意也”（见本文第三节的引用），但书中又有“医自以意加减，不依方分，使诸草石强弱相欺……”的说法。无独有偶，《是斋百一选方》章楫序（1196）亦称：
“古人方书，一药对一病，非苟云尔也。后世医家者流，不深明夫百药和剂之所宜，猥曰医特意尔，往往出己见，尝试为之，以故用辄不效。甚者适以益其病，而杀其躯者有之。”
这显示出古今医家对于“医方”的基本看法有所不同：古人称方书中所载医方为“经方”，即行之有效的经验之方，故只能照本宣科地加以利用，不得随意加减；今日固然仍有此类人物存在，但为数极少，而大多数的医家只不过是将方书作为临证处方的参考。换句话说，中医师展现在众人面前的“随意遣药、灵活组方”之画面，并非古代文物，而是后世医家的新作（当然，这个“新”只是相对于汉唐而言）。对此有所了解之后，反观六朝隋唐时期大量方书涌现这一医学发展的时代特征，自然会有更加深刻的认识。
其二，则是对许胤宗“书不可著”观点的批评。如《幼幼新书》李庚序（1150）云：“或者乃谓，医特意耳，不庸著书，……或是一偏之论也。”又如《圣济总录纂要》吴山滔序（1681）亦云：“虽然医者意也，书不可尽废。”此乃显而易见之道理，不必多述。
特别值得注意的，是苏轼对于源于感应论之“药物理论”的批判。在前引《东坡志林》有关“以意用药”的事例（参见注33），以及欧阳修“医以意用药，多此比。初似儿戏，然或有验，殆未易致诘也。”的感想之后，还有一段苏轼的反驳之词：“予因谓公：以笔墨烧灰饮学者，当治昏惰耶？推此而广之，则饮伯夷之盥水，可以疗贫；食比干之馂余，可以已佞……公遂大笑。”
