简介:摘要目的建立武乡病毒(wuxiang virus, WUXV)的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)检测方法。方法从GenBank中下载WUXV的全部基因序列,使用MEGA-X完成多序列比对分析,选择针对S段基因高保守区设计的引物和探针,分别对检测反应的特异性、灵敏性和稳定性进行评价。结果建立的方法可以特异性地检测WUXV,并且与多种虫媒病毒无交叉反应;反应的灵敏度较高,最低检测下限为1 pfu/ml;同一样品重复检测循环阈值(Ct)的批间变异系数均小于1.00%;用本研究建立的TaqMan RT-PCR检测30批白蛉核酸样本,其中7批出现WUXV阳性扩增曲线。结论本研究建立了灵敏度高、特异性强、重复性好的TaqMan RT-PCR方法可用于WUXV的大批量样本筛查。
简介:近年来,海豚链球病已给我国及世界罗非鱼养殖带来了巨大的经济损失。为建立特异、敏感、快速的罗非鱼海豚链球菌PCR诊断方法,根据NCBI数据库已公布的海豚链球菌基因序列,设计合成种特异性引物CM1/CM2,进行海豚链球菌特异基因片段的PCR扩增试验、反应条件的优化及不同检测材料的比较。同时测试了方法的特异性和敏感性,对不同养殖鱼场的10份临床样品进行了检测。试验结果表明,引物CM1/CM2可以扩增到与预计大小相符的870bp海豚链球菌特异性基因片段;PCR反应与鮰爱德华氏细菌、Ⅰ型荧光假单胞菌、点状产气单胞菌点状亚种、鳗弧菌、温和气单胞菌、肠型点状产气单胞菌、柱状黄杆菌、嗜水气单胞菌和河弧菌水产常见病原菌均无交叉反应;能够检测的最低细菌数为20~30个海豚链球菌;同时,该PCR可以直接从病鱼的脑、肝脏、肾脏及脾脏组织扩增出特异性目的片段;临床菌株检测结果与基于菌株16srRNA基因序列系统进化分析结果一致。由于病鱼内脏组织总DNA、菌落及菌液可直接用于该PCR扩增,最大限度缩短了整个检测时间及降低了检测成本。方法的建立为致病性海豚链球菌检测提供了一种简便、快速的途径,具有较好的应用前景。
简介:摘要:目的 分析PCR实验室的污染原因及排除方法。方法 通过TMA技术与PCR技术实施实验分析;通过物理及化学方法针对实验室的相关物品、空气与设备实施消毒处理;结合实验室的空间规划布局与核酸扩增实验室可能会产生污染的区域执行布点操作,消毒后试验开始前针对核酸实验室通过表面擦拭方法与空气沉降方法实施取样和消毒有效性的确认。结果 确定污染之后针对实验室实施彻底的消毒,消毒有效性确认都呈现阴性,说明实验室污染源获取了较为有效地防治,之后实验室中的假阳性率显著降低。结论 PCR实验室存在比较容易污染的特点,然而污染源能够采用相关物理方法和化学方法获取较为有效地防治。
简介:目的建立梅毒螺旋体的荧光定量PCR检测方法。方法依据梅毒螺旋体(Treponemapallidum,TV)DNA多聚酶I(polA)基因序列,设计MGB—Taqman探针和PCR引物,对TPPA法检测到的不同国家和人种梅毒螺旋体抗体阳性患者和阴性人员血液样本进行检测,验证该PCR方法的灵敏度和特异性,以及2种检测方法的一致性。结果PCR产物测序证实新建的荧光PCR方法可以扩增到梅毒螺旋体polA基因区200bp长DNA片段。该方法特异性强、灵敏度高,可检出每微升血液中10拷贝梅毒DNA。在31例TPPA法检测结果为阳性的样本中,有21例为PCR阳性。证明其中10例TPPA法阳性为非现行感染,可能不具有传染性。统计分析表明该荧光PCR方法与TPPA方法对不同国家和种族人群检测结果未出现显著差异。结论新建的荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性好,可排除TPPA法阳性梅毒患者中非现行感染的旅行者,是适用于不同地区和种族的旅行者进行梅毒检测的新方法。
简介:摘要目的比较PCRHBV-DNA和ELISAHBsAg两种检测方法在检测内窥镜中HBV的检测情况,从而确定本次研究的试验方法。方法现场采集内窥镜各关键部位(镜身、孔道、活检钳)的样品207份,平均分成两份,按各自所用试剂盒的要求分别进行试验,比较两种试验的阳性检出率、一致性等试验评价指标。结果PCRHBV-DNA阳检率为27.54%、ELISAHBsAg阳检率为2.42%,经χ2检验,χ2=4.63P=0.031、一致性检验,kappa=0.089,P=0.008,由此说明两种检验方法在内窥镜中痕量的HBV的检测过程中有显著性差异。结论PCRHBV-DNA对与内窥镜中痕量的HBV的检测试验方法优于ELISAHBsAg方法,在本次调查研究中应该采用PCRHBV-DNA的检测方法。
简介:目的:对目前最常用的检测微小RNA(miRNA)的茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法进行比较。方法:分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量PCR法检测人乳腺癌细胞MCF-7中U6和23种miRNA的表达,利用定量PCR分析软件和琼脂糖凝胶电泳方法,将2种方法在引物设计难度、特异性与灵敏度,以及检测通量方面进行比较。结果:茎环法的特异性和灵敏度比PAP法高,但引物设计难度大,检测通量低;PAP法引物设计难度较低,检测通量较高,但特异性和灵敏度较差。结论:茎环法实时定量PCR适于有针对性地检测小规模miRNA,而PAP法则适于大规模miRNA筛选实验。
简介:目的:利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的检测产气荚膜梭菌的方法。方法:以产气荚膜梭菌基因为靶序列设计引物和探针,以自产气荚膜梭菌菌株中提取的DNA为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的特异性、敏感性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L、下游引物浓度为0.15μmol/L、探针浓度为0.3μmol/L时,具有良好的特异性和敏感性,与创伤弧菌等12种相关细菌均无交叉反应;对纯菌检测的灵敏度低于10CFU/反应体系。结论:建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对战时气性坏疽做出快速准确的报告,实现对这种战时高发疾病的安全、快速和定量检测。
简介:目的:建立一种灵敏度高、特异性好、精密度高、操作简便的荧光实时定量PCR技术,对临床标本中的TTVDNA进行定量检测。方法:设计针对TTV基因保守序列非转录区(UTR)的一对引物和一条荧光基团双标记探针。将PCR扩增所得的产物片段与PUCm—T载体连接并进行克隆,提取重组质粒以极限稀释法进行定量,作为定量检测的标准品。通过对重组质粒的测序来验证方法的特异性。通过与套式PCR—ELISA方法阳性检出率的比较,显示本方法学的高灵敏度。在临床研究中,通过对36例丙肝患者及123例不同血清标志物阳性的乙肝患者,166例健康体检者血清中TTVDNA的定量检测,评估TTVDNA在不同人群中检出阳性率的差异显著性。此外还观察了乙肝患者不同血清ALT水平组别TTVDNA阳性检出率的差别。结果:本方法检测TTV—DNA的灵敏度高于基于ORFl的普通套式PCR—ELISA方法,重组质粒测序结果显示方法有很好的特异性;通过重组质粒标本梯度稀释检测显示该方法的线性范围为10^2-7拷贝/ml;批间CV为13.2—16.0%,批内CV为6.5.0—11.3%。健康体检者、丙肝患者、乙肝患者三组人群的血清TTVDNA定量结果分别为10^4.11±0.97、10^3.91±1.07、10^3.89±0.99拷贝/ml;三组人群TTVDNA阳性检出率无差异显著性;且乙肝患者(TTVDNA+)血清ALT水平与TTVDNA载量无相关显著性(P>0.1);乙肝患者血清ALT异常与正常两组TTVDNA阳性检出率无差异显著性(P>0.1)。结论:本方法操作简单、灵敏度高、特异性好、结果数据化,适合于临床实验室进行临床标本的TTV—DNA定量检测。
简介:目的建立基于TaqMan探针技术的皮炎外瓶霉荧光定量PCR检测方法.方法通过对皮炎外瓶霉ITS区域基因组序列(GenBank:JN675373.1)进行分析,设计合成特异性引物和荧光标记探针,优化荧光定量PCR反应条件.以临床标本中分离的皮炎外瓶霉为阳性菌株,及其他种类真菌和细菌作为阴性对照菌株,从特异性、敏感性及重复性方面对该方法检测效果进行评价.结果该研究设计的引物和探针能扩增皮炎外瓶霉特异性序列.临床分离得到的皮炎外瓶霉在反应中有明显扩增曲线,而甄氏外瓶霉、棘状外瓶霉、烟曲霉、白色念珠菌、新生隐球菌、马内菲青霉等20株菌在CT值≤38范围内均未有扩增;利用基因重组构建的标准品完成了标准曲线的绘制,在1.0×103~1.0×107拷贝数(Cp)内具有良好的线性关系(R2=1.000),最低可检出量为10Cp/μL.结论成功建立了荧光定量PCR检测皮炎外瓶霉方法,该法特异度强、敏感度高、重复性好,将有助于临床皮炎外瓶霉感染的早期诊断和针对性治疗.