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《数学建模及其应用》
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2015年3期
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字符串匹配算法在DNA序列比对中的应用
字符串匹配算法在DNA序列比对中的应用
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摘要
高通量测序技术的飞速发展让生物信息领域迎来了大数据时代。新技术在提供海量生物遗传信息的同时,也给分析这些数据带来了新的挑战。DNA序列比对是信息分析流程中的关键步骤,为后续的变异检测提供序列比对信息。2015"深圳杯"数学建模夏令营B题以DNA序列比对为研究课题,希望参赛学生给出序列快速比对的最佳方案。本文简要点评了各参赛队伍的解答情况,然后介绍了现有DNA序列比对软件中用到的算法和数据结构。
DOI
kd2xlewe46/2098362
作者
陈建平
机构地区
不详
出处
《数学建模及其应用》
2015年3期
关键词
字符串匹配
DNA序列比对
哈希算法
字典树
后缀数组
BWT压缩
分类
[理学][基础数学]
出版日期
2015年03月13日(中国期刊网平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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来源期刊
数学建模及其应用
2015年3期
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