基于全基因组测序估算结核分枝杆菌分子钟

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摘要 摘要目的基于全基因组测序数据,通过内源性激活期间菌株基因组突变分析,开展结核分枝杆菌(MTB)分子钟研究。方法筛选MTB内源性激活全基因组研究文献,下载全基因组测序数据,提取初治-复发配对样本单核苷酸多态性(SNP)差异和菌株分离时间,运用Poisson回归模型拟合初治-复发时间间隔与差异SNP的关系,计算MTB分子钟,估算突变率。结果若MTB传代时间为18 h,0~2年短期内源性激活突变率为6.47×10-10(95%CI:5.59×10-10~7.44×10-10),明显高于2~14年长期内源性激活突变率(3.27×10-10,95%CI:2.88×10-10~3.69×10-10)。0~、1~、2~、3~、5~、7~14年突变率分别为7.10×10-10、6.06×10-10、4.24×10-10、5.34×10-10、2.59×10-10、1.26×10-10。结论内源性激活复发期间,MTB突变率随初治-复发时间间隔增加而下降,本研究从微观层面验证了临床实践观察到的初治结核病2年内易复发现象。
出处 《中华流行病学杂志》 2022年09期
出版日期 2022年12月13日(中国期刊网平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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