学科分类
/ 1
2 个结果
  • 作者: 江洁 赵林清 穆敏 王文洋 徐瑾 蔡亮 谢正德 朱贞 张燕 周杉杉 冯意 毛乃颖
  • 学科: 医药卫生 >
  • 创建时间:2022-12-13
  • 出处:《中华实验和临床病毒学杂志》 2022年第02期
  • 机构:国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室 世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所麻疹室,北京 102206,首都儿科研究所病毒研究室,北京 100020,安徽理工大学医学院免疫学教研室,淮南 232001,河南省疾病预防控制中心免疫预防与规划所,郑州 450016,湖南省疾病预防控制中心微生物检验科,长沙 410005,首都医科大学附属北京儿童医院 北京市儿科研究所感染与病毒研究室,北京 100045
  • 简介:摘要目的基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase,HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性呼吸道感染病例的咽拭子标本进行常见病原体核酸筛查,对HPIV3阳性标本进行HN基因序列测定,与GenBank数据库的国外和我国10个省的HPIV3流行代表株HN基因序列进行比对,应用多种生物信息学方法开展分子进化分析。结果本研究期间从5个省市共获得49株HPIV3的HN基因序列,核苷酸同源性在96.6%~100%之间,其中48株为C3基因亚型,1株为C5基因亚型。系统进化分析显示,我国12个省市在2003—2020年间存在C1、C3和C5基因亚型的毒株共流行,毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.4%~99.8%和97.9%~100%,其中C3是我国的优势流行基因亚型,分属于C3a、C3b、C3c、C3e和C3f进化分支,以C3f的传播范围和流行时间最为广泛。对C3基因亚型的进化分析显示,其最近共同祖先形成时间(tMRCA)可追溯到1990年,有效群体规模在2002—2010年间逐渐扩张而后趋于平稳;C3各进化分支HPIV3的HN基因进化速率在3.69×10-4~5.82×10-4替换/位点/年之间;C3基因亚型毒株HN蛋白共享N308、N351、N485和N523潜在N-糖基化位点,选择压力以负向选择为主。结论C3基因亚型是我国的本土优势HPIV3流行型别,形成了广泛传播和持续流行态势,并在流行过程中形成多个进化分支共同循环。

  • 标签: 人副流感病毒3型 血凝素-神经氨酸酶蛋白 基因特征 贝叶斯进化分析