简介：摘要目的探索我国可能存在的新型肠道EV病毒(enteroviruses，EV)并研究其基因特征。方法对济南市2018年1月和7月份的污水标本进行EVP1编码区的PCR扩增和扩增产物的下一代测序(next generation sequencing, NGS)，对发现的新型EV进行同源性分析和系统发生学分析。结果济南1月份和7月份的污水中分别发现EV-A89型(n＝2)和EV-C96型(n＝1)核酸序列，均获得完整P1编码区序列。其中2条EV-A89序列之间存在6.1%的差异，和国内外其他分离株的VP1完整编码区同源性为88.2%~95.3%，系统进化树上与来源于新疆和其他国家的序列均没有密切的亲缘关系；所获得的EV-C96序列与国内外其他分离株的VP1核苷酸同源性为76.2%~89.4%，系统进化分析显示全球EV-C96毒株分为5个分支A~E，除1991年山东分离株外，山东株与其他国内株均位于分支D。结论本研究丰富了新型肠道病毒EV-A89和EV-C96的分子流行病学资料，为今后开展EV-A89和EV-C96的流行趋势及其感染所致疾病的研究提供基础资料。

简介：摘要目的了解生活污水中的A组轮状病毒（RVA）的检出情况及分子流行病学特征。方法本研究于2016—2018年3年期间，在济南市每月采集生活污水，获得的36份污水样本通过阴离子膜吸附洗脱法浓缩后，进行核酸提取，RT-PCR扩增RVA VP7和VP4基因片段，再经纯化、TA克隆和测序后，对所获得的序列进行基因定型、同源性分析和系统发生学分析。结果36份污水样本中有31份检测出RVA G基因（检出率为86.1%），33份样本检测出RVA P基因型（检出率为91.7%）。共获得RVA序列536条，其中G基因型序列225条，分属于6个基因型，G9型别占比最多为92.4%（208条）；获得P基因型序列311条，分属于4个基因型，优势型P［8］占50.1%（156条），P［4］次之为41.8%（130条）。系统发生学分析显示优势型别G9、P［8］在当地均存在多个传播链共循环。结论本研究通过对济南市生活污水所获得的RVA相关序列进行型别、同源性、系统发生学特征的分析，进一步证实RVA环境监测可行且必要。

简介：摘要目的分析2020—2021年山东省水痘-带状疱疹病毒（VZV）的基因特征。方法于2020年1月到2021年12月收集85份山东省疑似水痘患者的疱疹液样本，采用实时荧光定量PCR检测VZV核酸，筛查疑似样本。通过PCR和Sanger法测序检测阳性样本的开放阅读框（ORF）ORF22片段和ORF38片段的6个单核苷酸多态性（SNP）位点，确定病毒基因型别；检测ORF38片段和ORF62片段的4个SNP位点鉴别疫苗株和野毒株。从GenBank数据库上下载VZV各基因型参考序列，采用Sequencher软件和Mega7软件进行序列分析。结果85份疑似水痘样本中，有80份样本为VZV阳性，均为野毒株，属于clade 2遗传分支。80株序列与clade 2代表株相比，ORF22片段的核苷酸与氨基酸的同源性分别为99.5%~100%和98.5%~100%。其中病毒毒株SD20-1、SD20-5、SD20-6、SD20-8、SD20-9、SD20-10、SD20-11、SD20-12、SD20-13、SD20-30和SD20-31均在37990位点发生A➝G的碱基突变，导致所编码氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸；SD21-1在38059位点发生C➝A的碱基突变，导致编码苏氨酸变为天冬酰胺。结论2020—2021年山东省VZV基因型均属于clade 2型别的野毒株。