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  • 简介:基因表达数据进行分类时,超限学习机(ELM)算法具有学习效率高、泛化能力强、分类精度高的优点.为了解决超限学习机算法受输入权值矩阵和隐含层偏差随机初始化的影响,本文利用自适应遗传算法(AGA)具有良好的全局搜索效果对超限学习机的输入权值矩阵和隐含层偏差进行优化,提出了基于自适应遗传算法优化超限学习机(AGA-ELM)的分类算法.通过实验表明,该算法与已有的ELM、GA-ELM以及SVM算法相比,分类精度更高,可用于基因数据分类.

  • 标签: 超限学习机 自适应遗传算法 基因表达数据分类
  • 简介:基于菰黑粉菌全基因组测序结果及其酵母型和菌丝型转录组差异化表达数据库,结合RACE技术克隆获得一个长度为7625bp的基因,其中编码序列为5874bp,无内含子.结构及聚类分析结果表明该基因编码的MAPKKK蛋白激酶,属于Hogl信号途径,与大麦坚黑粉菌中的Ssk2亲缘关系最近.表达分析结果显示:UeSsk2在菌丝诱导形成过程中持续上调表达,而在生长受到抑制的菌丝细胞中其表达无显著变化或受到抑制,表明UeSsk2与菌丝形成具有相关性.同时,经生物传感器进行的蛋白互作检测结果表明,UeSsk2与前期发现的UeMkkl不存在蛋白互作关系,表明该蛋白参与其他MAPK途径来影响菌丝形成及生长.

  • 标签: 菰黑粉菌 丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶 UeSsk2基因 二型态转换