简介:人工核酸酶介导的基因组编辑(genomeeditingwithengineerednucleases)技术是近几年发展起来的一种技术手段,被《NatureMethods》杂志评为2011年的年度技术。家蚕的基因组编辑在研究家蚕功能基因、培育家蚕新型素材、家蚕生物反应器开发领域有着巨大的应用潜力。西南大学家蚕功能基因组研究团队紧跟国际上基因组编辑技术的最新发展趋势,迅速在家蚕基因组编辑研究领域开展相关研究工作。2012年9月,该团队在《PLoSONE》杂志上公布了其利用近期发展起来的基因组编辑工具-TALE核酸酶技术(TALEN)实现对家蚕内源靶基因的可遗传敲除的研究成果,该论文发表以后受到国内外众多媒体的转载与评论,发表之后的短短一年时间内即被包括《NatRevMolCellBiol》、《GenomeRes》等高水平杂志在内的论文引用28次。随后,研究团队又围绕着建立高效的家蚕基因组编辑技术平台开展研究工作,建立了适用于家蚕基因组编辑的TALEN高效组装技术体系和活性检测平台。通过组装平台,研究人员可以高效的对人工设计的TALEN打靶载体进行组装。通过活性检测平台,研究人员可以便利地对组装的TALEN打靶载体的打靶效率进行评估,筛选高活性的TALEN打靶载体,这对提高对家蚕功能基因敲除,尤其是可遗传敲除的成功率有着重大意义。该体系的建立标志着家蚕基因组编辑技术平台的完善和成熟,为实现家蚕功能基因的大规模敲除打下了坚实基础。相关研究论文“High-efficiencysystemforconstructionandevaluationofcustomizedTALENsforsilkwormgenomeediting”于2013年9月28号在国家权威杂志《MolecularGeneticsandGenomics》上在线发表(http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-013-0782-4)。西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室博士研究生王峰、马三垣为论文�
简介:该实验通过SDS高盐法(常规法)、SDS高盐法(改良法)和SoilgDNAKit法提取土壤微生物基因组DNA,用DNANanophotometer仪测定样本DNA的纯度和浓度,以确定最佳提取方法.结果表明,用SDS高盐法(常规法)、SDS高盐法(改良法)和SoilgDNAKit法和土壤微生物基因组DNA的浓度分别为41.45ng/μl、96.48ng/μl和58.40ng/μl,纯度(OD260/OD280)分别1.45、1.57和1.82.由结果可知,改良法提取DNA的浓度最高,而SoilgDNAKit法的纯度最高,但其成本较高,因此,SDS高盐法(改良法)是节省成本且适合提取大批量土壤微生物基因组DNA的方法,今后在提取DNA过程中进一步优化,以提高其纯度.
简介:目的研究乙肝病毒/黄曲霉毒素B1双暴露相关性肝细胞性肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)染色体遗传学畸变的特点。方法将32例手术切除经病理证实为HCC的癌组织,按照乙肝病毒与黄曲霉毒素的暴露情况分为4个亚组:A组为HBV(+)/AFB,(+)10例;B组为HBV(+)/AFB1(-)10例;C组为HBV(-)/AFB1(+)6例;D组为HBV(-)/AFB1(-)6例。应用微阵列比较基因组杂交技术(ArrayCGH)检测分析其22对染色体DNA拷贝数的变化。结果32例HCC样本中,共发现573个染色体畸变区段(chromosomalaberrations,CNAs)。其中1q、4p、5p、6p、7p、8q、10p、17q、20p、20q和X主要表现为扩增区段;1p、2q、4q、8p、9p、10q、11q、13q、14q、16p、16q、17p、19p、19q、21q、22q和Y主要表现为缺失区段。同时,共检测出25个染色体发生高频畸变的区段(recurrentlyalteredregions,RARs),其中lq21.1-q44、5p13.2-p15.3、6p12.1-p25.2、7q11.2-q35、8q11.2-q24.3、17q12-q25.2、18q12.3-q22.3和x为高频率扩增区段,而lp31.1-p36.2、2q23.2-q37.2、4q12-q35.2、6q14.1-q26、8p12-p23.2、9p21.1-p24.2、10q21.3-q26.2、13q12.1-q21.1、14q21.3-q32.2、16p12.1-p13.2、16q12.1-q24.1、17p12-p1313、19p13.1-p13.3、19q13.2-q13.4、21q21.3-q22.2、22q11.2-q13.2和Y染色体为高频缺失区段。8p12-p23.2缺失的发生率在进展期HCC(TNM分期为Ⅲ~Ⅳ期)中明显高于早期HCC(TNM分期为I~Ⅱ期)(仁0.038)。4q12-q35.2、13q12.1-q21.1的缺失及7q21.1-q35的扩增发生率在A组中最高。Cox模型分析结果示:在单因素分析中AFP水平、肿瘤大小、TNM分期、BCLC分期、侵袭与转移的发生、8p12-p23.2的缺失以及19p13.1-p13.3的缺失等为影响患者无瘤生存时间的危险因素(P〈0.05).而在多因素分析中AFP水平、TNM分期以及8p12-p23.2的缺失等为影响患者无瘤生�
简介:目的:以转坛£抗虫基因白桦的不同月份叶片为实验材料,揭示基因组DNA甲基化水平与植物叶片发育及外源基因表达水平之间的相关性。方法:应用DNA-MSAP方法检测叶片基因组DNACCGG位点甲基化状态,利用Northern杂交技术分析其外源基因表达水平。结果:转基因白桦叶片基因组DNA同年5~9月总甲基化水平分别为21.95%、29.62%、25.41%、41.39%和47.24%,除7月份稍有波动外,整体呈现随着叶片的成熟和衰老渐升高趋势;全部扩增位点中,半、全甲基化位点比例分别为17.99%和15.19%,在各月份叶片中变化较大,其中半甲基化位点比例分别为10.37%、19.14%、14.92%、17.2%和28.83%,全甲基化位点比例依次为11.58%、10.49%、10.50%、24.11%和18.40%。同一无性系外源基因在当年5~7月表达量最高,8~9月呈下降趋势,与基因组甲基化状态呈负相关趋势。结论:转基因白桦叶片的成熟和衰老及外源基因表达量降低均可能与基因组DNA甲基化水平的升高相关。