简介:高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
简介:近年来,海豚链球病已给我国及世界罗非鱼养殖带来了巨大的经济损失。为建立特异、敏感、快速的罗非鱼海豚链球菌PCR诊断方法,根据NCBI数据库已公布的海豚链球菌基因序列,设计合成种特异性引物CM1/CM2,进行海豚链球菌特异基因片段的PCR扩增试验、反应条件的优化及不同检测材料的比较。同时测试了方法的特异性和敏感性,对不同养殖鱼场的10份临床样品进行了检测。试验结果表明,引物CM1/CM2可以扩增到与预计大小相符的870bp海豚链球菌特异性基因片段;PCR反应与鮰爱德华氏细菌、Ⅰ型荧光假单胞菌、点状产气单胞菌点状亚种、鳗弧菌、温和气单胞菌、肠型点状产气单胞菌、柱状黄杆菌、嗜水气单胞菌和河弧菌水产常见病原菌均无交叉反应;能够检测的最低细菌数为20~30个海豚链球菌;同时,该PCR可以直接从病鱼的脑、肝脏、肾脏及脾脏组织扩增出特异性目的片段;临床菌株检测结果与基于菌株16srRNA基因序列系统进化分析结果一致。由于病鱼内脏组织总DNA、菌落及菌液可直接用于该PCR扩增,最大限度缩短了整个检测时间及降低了检测成本。方法的建立为致病性海豚链球菌检测提供了一种简便、快速的途径,具有较好的应用前景。
简介:分析了普通草鱼和脆肉鲩两种草鱼Ctenopharyngodonidellus肌肉品质、物理和质构特性。结果表明:两者肌肉的营养成分组成基本一致,单含量不同,脆肉鲩肌肉粗蛋白和粗灰分含量高于普通草鱼,水分含量低于普通草鱼,但差异不显著(P〉0.05)。脆肉鲩肌肉粗脂肪、胶原蛋白、总氨基酸和鲜味氨基酸含量显著高于普通草鱼(P〈0.05);脆肉鲩肌肉滴水损失显著降低(P〈0.05),肌原纤维耐折力显著提高(P〈0.05);脆肉鲩肌肉硬度、咀嚼性和回复性比普通草鱼分别高15.4%、11.5%和9.76%(P〈0.05)。综上分析,除感观评价外,还可根据肌肉品质、物理和质构特性建立衡量鱼肉脆化效果的量化检测方法。