简介：摘要:国内针对页岩储层非均质特征评价工作开展的还相对较少，目前没有完善的评价标准。在详细调研国内外储层非均质性研究的基础上，文中分别从平面、层内、微观 3 个方面对有机质体积分数、成熟度、孔隙度、矿物组分的非均质性特征进行对比研究，并根据研究结果做出相应分析。研究结果表明：研究区龙马溪组页岩储层在平面、纵向和微观尺度上非均质性强，石英等脆性矿物含量高，物性好，微裂缝发育，有机质含量高，热演化程度适中，具有较好的勘探开发潜力。

简介：摘要：随着油田进入开发后期，为了增储上产，寻找接替能源，页岩油成为勘探开发热点。嫩二组黑色泥页岩夹油页岩是重要的烃源岩，加强对姚家组-嫩江组界限地层微体古生物学特征研究，分析古生物和古环境响应关系，对于分析烃源岩的形成具有重要意义，在盆地油气勘探开发中发挥重要作用。

简介：摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列，采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间，与原型株比较，在编码区无碱基插入或缺失，在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%；与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析，可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E，本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%，P2区进化树图显示，本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近，P3区进化树图显示，本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性，非衣壳区呈现重组多样性，提示CV-A8正在经历变异动态变化； CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体，因此需要进一步加强监测CV-A8。

简介：摘要：惠民县中南部的淄角镇区域地热开发利用相对较少，为了探明该区域地热资源情况及地层分布特点、馆陶组热储和东营组热储含水层水文地质参数，我们施工1500.37m地热井1眼。我们应用封隔器技术对馆陶组热储层和东营组热储层进行了分层抽水试验，并通过水质分析对地热水水化学特征进行了分析。调查发现淄角镇地热田馆陶组热储层厚度大，富水能力强，产水量高，为主力热储利用层段。

简介：摘要目的探索梅毒螺旋体在二期梅毒皮疹中的分布特点及其与组织病理的相关性。方法选取2008年1月至2018年12月在北京协和医院皮肤性病科通过组织病理检查，并根据临床表现和血清学检查确诊的二期梅毒患者41例，分析皮损组织切片的免疫组化结果，并以此为分组依据，分析不同组间临床及组织病理特点的差异。对连续数据使用t检验或Kruskal-Wallis检验评估两组间差异；对分类数据使用卡方或Fisher精确检验来评估组间差异。结果免疫组化检查显示，42份二期梅毒皮损切片中，68.3%存在梅毒螺旋体，主要分布于表皮下部及真皮浅中层。以斑疹为主的二期梅毒疹的梅毒螺旋体阳性率[80%（16/20）]较以丘疹为主的二期梅毒疹[50%（11/22）]高（P < 0.05）。在10种病理特征中，免疫组化阳性组较阴性组更常表现出皮突延长（P < 0.05）、基底细胞液化变性（P < 0.05）、角质层中性粒细胞浸润（P < 0.05）、苔藓样浸润模式（P < 0.05）、点状角质形成细胞坏死（P < 0.05）。免疫组化显示有较多数量梅毒螺旋体的切片表现出更多病理特征（H = 17.914，P < 0.001）。梅毒螺旋体免疫组化染色显示有大量（8份）、中量（14份）及少量（5份）梅毒螺旋体的切片分别平均有8种、7种及6种梅毒特异性组织病理特征；15份梅毒螺旋体免疫组化阴性的组织切片平均只有4种病理特征。结论免疫组化可以显示梅毒螺旋体在二期梅毒皮疹中的分布，梅毒螺旋体含量较多的组织切片显示更多的梅毒特异性病理特征。

简介：

简介：摘要对山东省人感染猪链球菌菌株开展基因组流行病学及病原学分析，为制定合理、精准的猪链球菌预防、控制措施提供依据。本研究对分离的猪链球菌菌株开展分子分型、基因组系统进化树、毒力基因型别、耐药谱、耐药基因及其传播元件等方面的分析，并通过比较菌株刺激宿主细胞产生细胞因子的能力评价不同菌株的致病力。结果显示，血清2型、ST1型是山东患者来源猪链球菌的优势型别，其主要临床表现为脑膜炎。系统进化树分析表明山东菌株主要由5个分枝组成。山东菌株均属高致病型菌株，但细胞因子试验表明分枝2的菌株致病力显著强于其他山东菌株。除分枝3的SD2与SD4菌株外，其余山东菌株均携带不同种类的耐药基因及其传播元件。综上，山东猪链球菌的来源及进化途径存在多样性的特征，且致病能力有显著差异，需要在基因组水平开展菌株监测的工作。

简介：摘要目的探讨影像组学方法诊断垂体泌乳激素大腺瘤（PPM）的效能与可行性。方法回顾性分析2012年1月至2018年12月首都医科大学附属北京天坛医院经病理证实的垂体大腺瘤患者122例，其中PPM 70例、非泌乳激素大腺瘤（NPPM）52例，比较两者年龄、性别、泌乳素水平、出血、囊变及Knosp分级的差异。应用3Dslicer软件对术前轴面T1WI增强图像进行预处理、感兴趣区勾画与特征提取。使用最小绝对收缩和选择算子进行特征选择。所有病例以7∶3的比例随机分为训练组（85例）与测试组（37例），使用logistic回归与支持向量机（SVM）在训练组与测试组进行建模与测试，分别绘制ROC曲线，计算特异度、灵敏度、准确度及ROC曲线下面积（AUC）。结果PPM与NPPM患者的年龄［分别为（38±12）岁、（43±11）岁］、性别（男/女分别为50例/20例、14例/38例）及泌乳素水平［分别为366.00（117.75，1 156.25）μg/L、47.25（32.68，62.40）μg/L］差异存在统计学意义（P<0.05）。Logistic回归与SVM在训练组鉴别诊断PPM与NPPM的AUC值分别为0.936和0.946，测试组AUC值为0.768和0.774。Logistic回归与SVM在训练组鉴别诊断PPM与NPPM的准确度分别为88.2%和91.8%，测试组的准确度分别为73.0%和77.8%。结论基于影像组学特征的机器学习模型对垂体泌乳激素大腺瘤的诊断效能较高。

简介：摘要目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本，提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因组序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因组序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比，基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个，范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个，范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异，已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。

简介：摘要目的探讨不同基因突变的醛固酮瘤(APA)患者的临床生化及免疫组化染色特征。方法纳入接受单侧肾上腺切除的APA患者206例，搜集其临床和生化资料。通过Sanger测序对其术后标本行KCNJ5等基因的突变检测，以及对标本进行11β-羟化酶(CYP11B1)和醛固酮合成酶(CYP11B2)染色，并进行H-score定量评分。结果206例APA患者中，166例(80.6%)检出基因突变，其中158例为KCNJ5突变，2例ATP1A1突变，5例ATP2B3突变，1例CTNNB1突变。突变组APA患者的年龄、高血压病程、血钾均显著低于无突变组(P<0.05)；其女性患者比例、收缩压、舒张压、醛固酮/肾素比值(ARR)和盐水负荷试验(SIT)后血浆醛固酮水平(PAC)均显著高于无突变组(P<0.05)。亚组分析显示，ATP酶(ATP1A1和ATP2B3)突变APA患者的年龄、高血压病程、收缩压和左心室肥厚患者比例均显著高于KCNJ5突变组(P<0.05)；其SIT后PAC和肿瘤直径均显著低于KCNJ5突变组(P<0.05)。在免疫组化水平，不同突变的APA中CYP11B2染色的阳性率无显著差异。H-score分析显示KCNJ5突变APA的CYP11B1的H-score评分显著高于ATP酶突变组[160.0(127.5，193.5)对80.0(27.5，152.3), P＝0.020]，而CYP11B2的H-score评分显著低于ATP酶突变组[155.0(123.0，190.0)对240.0(140.0，270.0), P<0.01]。结论APA患者的基因突变类型与其临床生化表型和分子病理表型有密切的关系。

简介：摘要:储层微观孔隙结构特征对正确评价储层、采取作业措施十分重要。本文采用恒速压汞技术对玛东2乌尔河组油藏进行了研究。根据3口井的压汞数据，获得了微观孔隙结构特征参数，分析了渗透率与孔道半径、喉道半径等参数之间的关系，揭示了国内油区主流喉道半径分布规律。分析结果表明，（1）渗透率越低，喉道半径分布越集中于低值区，且展布范围窄，曲线峰值高（2）玛东2井区乌尔禾组油藏喉道半径分布曲线尾部拖长特征明显，表明玛东2井区的孔隙类型为片状孔隙或微裂缝特征孔隙，开发过程中具有强烈的应力敏感性（3）玛东2井区平均喉道半径以中喉道为主，较常规砂岩油藏要高，主要是微裂缝特征孔隙。

简介：摘要目的分析河南省境外输入2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)毒株的基因组进化特征及变异情况。方法纳入2020年5月至12月河南省报告的16例境外输入新型冠状病毒肺炎确诊病例，采集患者咽拭子标本送至河南省疾病预防控制中心进行全基因组测序。以全球共享流感数据倡议组织平台上公布的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1作为参考序列，采用MEGA X软件进行序列比对和分析，并采用最大似然法构建系统进化树。结果16例病例中，13例来自俄罗斯，2例来自缅甸，1例来自乌克兰。共获得16条基因组长度为29 804~29 882 bp的2019-nCoV基因组序列。共检测到145个核苷酸突变位点和80个氨基酸突变位点，所有序列均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸位点突变，以及刺突蛋白区D614G氨基酸位点突变。BetaCov/HEN02/Human/2020、BetaCov/HEN04/Human/2020和BetaCov/HEN05/Human/2020毒株基因组的第29704位点出现碱基A插入，所有序列均未发现缺失变异。系统进化树分析显示，16株毒株与目前流行的需关注的变异株均无相关性。结论2020年5月至12月河南省境外输入病例的2019-nCoV毒株基因组突变呈现随机性和多样性，均不属于需关注的变异株。

简介：摘要目的基于基因组学的数据，通过机器学习，构建胃癌相关甲基化预测模型。方法下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中胃癌基因突变数据、基因表达数据和甲基化芯片数据，进行特征选择，构建支持向量机（径向基核函数）、随机森林和误差反向传播（error back propagation，BP）神经网络模型，并在新的数据集中进行模型的验证。结果在3个模型中BP神经网络的检验效能最高（F1 值=0.89，Kappa=0.66，受试者工作特征曲线下面积=0.93）。结论BP神经网络能够充分利用分子检测的基因组数据进行机器学习，可以用于胃癌相关甲基化预测。

简介：摘要目的探究基于病变内部及病变周围MRI影像组学模型预测临床显著性前列腺癌的价值。材料与方法140例(训练集112例，测试集28例)进行过前列腺磁共振扫描的患者纳入研究。手动勾画T2加权成像(T2 weighted imaging，T2WI)、ADC图像病变内部区域(intralesional volume，ILV)及病变周围区域(perilesional volume)并分别提取影像组学特征，构建最小绝对值收敛和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator，LASSO)回归预测模型。运用ROC曲线分析、临床决策曲线分析对模型进行评估。结果训练集的AUC、准确率分别为：0.93 (95%置信区间：0.88～0.98，特异度：0.87，敏感度：0.89)、0.84 (95%置信区间：0.76～0.90)。测试集的AUC、准确率分别为0.92 (95%置信区间：0.81～1.00，特异度：0.95，敏感度：0.68)、0.89 (95%置信区间：0.72～0.98)。临床决策曲线分析中诊断阈值位于0.01～0.83或0.87～0.98时，运用预测模型患者具有良好的净受益。结论基于病变内部及病变周围MRI影像组学特征对于临床显著性前列腺癌的预测具有应用价值。

简介：摘要目的了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒，通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增，采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析，采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果进化分析显示：在全基因组、P1区、P2区及P3区系统进化树上：毒株HS312/QD/CHN/2013和HS605/QD/CHN/2014与国内早期分离株共处同一分支；毒株FY218/QD/CHN/2015与2013年江苏温州分离株CV-A4/P1033/2013/China一起在各基因进化树上形成一独立分支；毒株HS144/QD/CHN/2014在P1区进化树上与HS312/QD/CHN/2014、HS605/QD/CHN/2014及国内早期分离株共处同一分支，但在全基因组、P2区及P3区进化树上各形成单一分支。重组分析提示：毒株HS144/QD/CHN/2014与2013年大陆流行的CVA2型毒株CV-A2/P373/2013/China在2C区～3D区间(5 081～7 301)发生基因重组；毒株FY218/QD/CHN/2015与毒株CV-A4/P1033/2013/China同源，都与CVA2型分离株CV-A2/P373/2013/China在2A区～2B区间(3 821～4 161)发生基因重组。结论青岛地区流行的CVA4在全基因组层面有明显的遗传多样性。

简介：摘要：本文基于鄂尔多斯盆地富县地区钻、测井资料的认识，有效开展了区内马家沟组典型岩性及沉积微相的测井特征识别及分析，建立了测井相识别图版和模式库，明确了马家沟组的测井相类型及变化，为单井沉积微相识别及划分提供了一定的指导意义。

简介：摘要：本文基于鄂尔多斯盆地富县地区钻井及岩心观察资料的认识，有效开展了区内马家沟组典型沉积微相的识别及划分，并结合连井对比手段，明确了区内马家沟组沉积相空间展布特征，初步探讨了沉积相发育的主控因素，为区域沉积相研究及勘探部署工作提供了一定的指导意义。

简介：摘要目的探讨基于多中心超声影像组学模型预测三阴性乳腺癌(TNBC)患者无病生存期(DFS)的有效性。方法2012年7月至2016年12月从南京医科大学第一附属医院、江苏省中医院、中国人民解放军东部战区总医院招募418例TNBC患者。来自机构1(南京医科大学第一附属医院)的271例患者构成训练集，采用LASSO逻辑回归算法筛选出与患者DFS相关的最优特征构建影像组学标签，并计算每位患者的影像组学分数(Rad-score)。根据Rad-score最佳阈值将患者分为复发高风险及复发低风险组，并评估Rad-score与DFS的关系。采用单变量和多变量Cox回归分析确定差异有统计意义的影像组学特征和临床病理变量，用于构建影像组学模型，并通过一致性指数(C-index)及校准曲线评估模型的辨别度和校准度。另147例来自其他两个医疗机构的TNBC患者构成独立的外部验证队列，用于验证预测模型的效能。结果筛选出10个重要的影像组学特征构建成的组学标签，在训练集和验证集中均是预测DFS独立的风险因素(P<0.05)。影像组学模型由腋窝淋巴结分期、Ki-67指数和影像组学标签构成，在训练集和验证集中，影像组学模型的预测效能优于临床病理模型或TNM分期系统(P<0.01)，C-index分别为0.75(95%CI＝0.72～0.78)和0.73(95%CI＝0.71～0.75)。校准曲线展示影像组学模型具有较好的一致性，临床决策曲线也证实其良好的临床应用价值。结论基于10个超声影像组学特征构成的影像组学标签是评估TNBC患者DFS的有力预测因子。由此构建的影像组学预测模型可显著提高临床预测模型及传统TNM分期预测TNBC患者DFS的效能，为TNBC患者治疗前进行复发风险分层、个体化肿瘤治疗方案的制定提供了依据。

简介：摘要：本文基于鄂尔多斯盆地地层发育特征，对富县地区马家沟组主要标志层及小层划分进行了初步探讨，明确了该区地层剥蚀及展布特征，为区域地层对比及后续沉积相研究提供了较好的参考资料。

简介：摘要目的分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本(Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。结果2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。