简介:目的对西双版纳小耳猪的群体遗传结构进行RFLP分析。方法采用ECL核酸直接标记和检测系统,以HRP标记ɑ-珠蛋白-3’HVR多基因座小卫星探针,对西双版纳小耳猪的HinfⅠ或HaeⅢ酶切片段进行Southern杂交,以化学发光法进行检测,获得了清晰可辨的、具有高度多态性的DNA指纹图谱。结果2kb以上的谱带数在6~15条之间,HinfⅠ酶切产生的图带数低于HaeⅢ。JB亚系内805、807家系和JS亚系内111、121、121、151家系不同个体间的相似系数分别为0.94±0.09、0.85±0.08、0.84±1.7、0.78±1.6、0.83±0.42、0.87±0.07,显著高于各家系间的相似系数,JB亚系内的805家系和JS亚系内的151家系不同个体间相似系数较大,分别为0.94和0.87。结论西双版纳小耳猪近交程度较高,个体间差异较小,均一性较强。
简介:目的建立临床常见念珠菌的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)检测技术。方法用真菌通用引物ITS1-ITS4分别扩增白色念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌和近平滑念珠菌5种菌株的ITS1-5.8SrDNA-ITS2区域,然后对扩增产物进行MspⅠ酶切分析。结果5种念珠菌标准菌株经PCR-RFLP分析后产生了5种不同的特异性条带,成功地将临床上常见的5种念珠菌区分开来。应用此方法鉴定了60株临床分离的念珠菌,其PCR-RFLP结果与标准菌株一致,测序结果进一步证实了此方法的可靠性。结论PCR-RFLP检测技术具有快速、稳定、特异、准确性高的特点,在常见致病念珠菌鉴定方面具有良好的临床应用前景。
简介:ToestablisharapididentificationmethodforcommonpathogenicbacteriaonthebasisofmolecularbiologyandtoconstructapreliminaryPolymeraseChainReaction-CapillaryElectrophoresis-RestrictionFragmentLengthPolymorphism(PCR-CE-RFLP)databaseofbacteriaisolatedfromclinicalspecimensfrequently,183strainscollectedfromclinicalsamplesbelongingto12generaand19specieswhosebiochemicalcharacterizationscorrespondedtothetypicaloneswereexamined.ThegenomicDNAswereamplifiedbytwopairsoffluorescencelabeledprimersaimingat16SrRNAgeneand16S-23SrRNAspacerregiongenerespectivelyatthesametime.PCRproductswerethendigestedbyrestrictionendonucleaseHaeⅢin-completelybeforetakingcapillaryelectrophoresis.TheresultswiththePCR-CE-RFLPpatternsof16SrRNAgeneswerejustalikewithinsomegenera,butwhenitcomesto16S-23SrRNAspacerregiongenes,eachbacteriumshowedauniquepattern,whichcanbedistinguishedfromeachothereasily.ItseemsthatPCR-CE-RFLPpatternsof16SrRNAgenecouldonlybeusedtoclassifythebacteriaintofamilylevel,whereasthedataof16S-23SrRNAspacerregiongenecouldbeutilizedtoidentifythewholemicroorganismsaspreciselyasthespecieslevel.Inspiteofthedataofthespacerregiongenealonecanbesufficientlytoverifythewholebacteria,weinsistthatthe16SrRNAgenecouldbeofsomeassistantincasethatthereshouldbelotsoffamiliesofbacteria,inwhichsomesimilarones,withthesameRFLPdataof16S-23SrRNAspacerregiongene,maycoexist.ThisstudyprovesthattheutilityofPCR-CE-RFLPisaconvenient,rapidmethodtoidentifypathogenicbacteria,andisalsoaquickdiagnosismeasureforapplicationtoclinicaluse.
简介:摘要目的监测伤寒沙门菌株对青霉素和其他抗生素的耐药情况。分析多重PCR基因扩增产物图谱与青霉素耐药性的相关性,分析血清型青霉素耐药菌株的脉冲电场凝胶电泳(PFGE)图型,初步了解耐药菌株分子流行病学上的特点。方法(1)抗生素药物敏感试验;(2)用聚合酶链反应(PCR)和限制性内切酶片段长度多态性分析(RFLP)结果发现23株多重耐药鼠伤寒沙门菌,其中耐4~5种抗生素的9株(40%),耐6~9种抗生素的8株(35.13%),耐10种抗生素的6株(26.10%);可分为16个PFGE型,其中5个PFGE型的菌株数超过1株。结论伤寒沙门菌分离株的多重耐药性严重,PFGE分型方法对鼠伤寒沙门菌的分型能力较好。
简介:目的:建立一种高效的末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)方法,检测工程土壤细菌。方法:以深圳和香港两地不同土层(0.5,10,20和30m)的工程土壤为研究对象,提取并纯化总DNA,利用细菌16SrDNA基因通用引物8f-FAM/1492r进行PCR扩增,扩增产物分别用HhaⅠ、HaeⅢ和MspⅠ限制性内切酶酶切,酶切产物经毛细管电泳测序,序列上传至数据库进行分析。结果:经过比对分析,香港段土壤中大约存在细菌141属,235种;深圳段大约存在132属,206种;32个细菌种属只在香港土壤中有分布,3个细菌种属只在深圳土壤中有分布;植物病原细菌有14个种属。结论:建立的T-RFLP方法能够高效、快速地分析工程土壤细菌。
简介:目的建立检测常见丝状真菌感染病原菌的PCR-RFLP和多重PCR方法。方法建立以PCR技术为基础的限制片段长度多态性(RFLP)方法,首先用真菌通用引物扩增丝状真菌的ITS区,然后用限制性核酸内切酶对PCR产物进行酶切。用4种丝状真菌的特异性引物建立多重PCR体系,用该体系检测单模板、双模板和三模板的扩增情况,并测定该体系的特异性和敏感性。结果用PCR-RFLP技术能够鉴别5种常见丝状真菌,多重PCR能够根据扩增片段的不同鉴别菌种,在合适的反应条件下,对单模板、双模板和三模板均能扩增出目的片段。结论PCR-RFLP和多重PCR技术能够快速鉴定丝状真菌感染病原菌,有临床应用的良好前景。
简介:为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌。利用细菌16SrDNA特异引物扩增得到16SrDNA的部分片段,长约700bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对扩增产物进行限制性酶切。16SrDNAPCR-RFLP分析中,在100%相似性水平处,除了cj23、ty16、cg23、wy6、cj25、wy13、my23、ty7、cj14、cg25、cg2、cj13、my11,my27单独成群外,其余菌株分为15个分类操作单元,其中Otu1、Otu2,Otu27类群最大,分别包括了27、18,26个菌株。对29个代表菌株16SrDNA序列系统发育分析表明,这些菌株主要分布于芽孢杆菌(Bacillus)分支,其余菌株分布于葡萄球菌属(Staphylococcus)、微杆菌属(Microbacterium)、单胞菌属(Sphingomonas)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobac-terium)、根瘤菌属(Rhizobium)、纳西杆菌属(Naxibacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)、克雷伯菌属(Klebsiella)、Bifissio属系统发育分支。通过Shannon多样性指数对不同生长期分离到的菌株进行多样性分析和比较,结果表明团棵期叶片中分离到的内生细菌多样性最大,随后是旺长期,苗期次之,成熟期最小。
简介:Theaimofthisstudywastoanalyzethepointmutationoftheexon1atcodon54ofthemannose(ormannan)-bindinglectin(MBL)geneinhealthyindividualsofChineseHansandMongolianpopulation,andtofindoutanyassociationbetweentheplasmalevelsofMBLandthegenemutationfrequencyinbethgroupsofindividuals.Bloodsampleswerecollectedrandomlyfrom56healthyindividualsofChineseHansand37Mongolian.ThedetectionofthepointmutationsoftheMBLgenewasperformedbypolymerasechainreaction-restrictionfragmentlengthpolymorphism(PCR-RFLP)anddetectionsforplasmalevelsofMBLweredeterminedbyusingMBLELISAkits.AMBLPCRmethodofassaywasestablishedwithhighspecificity,andgoodreproducibility.ByoptimizingthePCRcondition,theoptimalannealingtemperaturewas55℃,andthelowestdetec-tionlimitwas160pg.Nobandswerefoundinnon-specificitysamples(HAV,HBV,HCVandTB),andthesequencesofPCRproductswerethesameastheexpectedones.AlsoaMBLPCR-RFIPwasestablished.Uponelectrophoresisofthedigestedproductsin3%agarosegel,therewere3patterns:inwhich2bandscorrespondtomoleculeweight232bpand93bp;1band,correspondstomoleculeweight325bpand3bandscorrespondtomoleculeweight325bp,232bpand93bp,respectively.Threebandsof325bp,232bpand93bpofpointmutationswerefoundatcedon54ofMBLcedinggene.FrequenciesinhealthyHanandMongolianpopulationwere0.2321and0.1757respectively.TheaverageplasmaMBLconcentrationwas1998.750μg/L,withSDof1505.152in56healthyHanpopulationand2525.676μg/L,withSDof1955.188in37Mongolian.AnegativecorrelationbetweenMBLconcentrationandgenemutationfrequencywasfoundinhealthyHanpopulation.Frequencyofpointmutationwas1.00whentheMBLconcentrationswerebelow100μg/L;frequencyofpointmutationwas0.4524whentheconcentrationwas100μg/Lto1000μg/L;andthefrequencyofpointmutationwas0.0156whentheconcentrationwaso
简介:目的建立PCR-RFLP方法对三带喙库蚊钠通道基因L1014F(TTA-TTT)突变进行快速检测与分型。方法根据三带喙库蚊钠通道基因DNA序列,合成PCR引物,在上游引物3’端第二个碱基引入突变位点'C',构建酶切位点,扩增后对PCR产物酶切,在电泳结果读取分型结果并统计基因频率与基因型频率。结果建立的PCR-RFLP方法能够对三带喙库蚊钠通道基因L1014F突变进行快速检测与分型,灵敏度和特异度均达到98%以上。结论本研究建立的PCR-RFLP方法灵敏度和特异度较高,实现了对三带喙库蚊钠通道L1014F(TTA-TTT)突变的快速分型,可以推广使用。