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  • 简介:利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性点数对研究结果准确性的影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位点,其中多态性点440个,占83.01%。多态信息含量范围为0.046~0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113~2.289之间变动,平均为1.248。显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性点即可获得较准确的结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性点才能获得较准确的结果。矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性点聚类即可达到90对引物时的精度。此外,在引物量较少时,扩增点数较多的引物所提供的信息量更大,随着引物量的增加,这种差距趋于不明显;等位点总数较少时,引物数量更重要,随着点数的增加,引物信息含量的重要性已高于引物数起主导作用。综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系的遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性点150个以上,增加引物到50对以上为佳。

  • 标签: 陆地棉 野生种系 SSR 引物 多态性位点 聚类