简介：利用反转录聚合酶链式反应的方法,以单引物R2为引物,从水稻伴生菌中克隆到了一cDNA片段,长1029bp,其中开放阅读框部分共编码220个aa.NCBI核苷酸序列同源性比对结果表明:开放阅读框部分与大肠杆菌、志贺菌和沙门氏菌有较高的同源性,但在3'非翻译区几乎没有同源性;多肽序列的同源性比对结果显示,R2在N-端比目前已知的四氢叶酸脱氢酶/环化酶多肽序列少50个aa,C-端少18个aa.通过http:∥www.fruitfly.org网站下的启动子预测软件未发现转录起始位点,在3'端也无AATAAA加尾信号,因此我们克隆的cDNA不是完整的基因序列.通过功能结构域预测和三维结构分析表明:R2存在多个功能结构域,即FolD、KOG4230、THF_DHG_CYH_C、KOG0089和THF_DHG_CYH,其中KOG0089和THFDHG_CYH_C为R2蛋白所包含的完整的功能结构域,晶体模型显示其分子表面凹凸不平,分子内存在间隙,总能为-5243.076kJ/mol,存在两个GROMOS程序修复点即Gly53和Gly187,有7个类似于Ala83和Leu86的锚定连接形成两个环状结构.
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