简介：摘要目的基于生物信息学的方法分析胃癌的基因表达谱，探讨可能参与胃癌发生发展及影响其预后的差异表达基因(DEGS)。方法从基因表达综合数据库(GEO)数据库下载3个mRNA芯片数据集GSE33651、GSE54129和GSE118916进行分析，获得基因表达谱，以差异倍数[|log Fc(foldchange)|]>1、校正后P值(adj P)<0.05作为标准筛选差异基因，然后应用在线工具维恩图(venn)获得3个数据集的共有差异基因，获得192个上调基因和65个下调基因。通过STRING和Cytoscape构建了DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，筛选分值最高的10个差异基因为关键基因。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)用于功能富集分析。使用GEPIA、Oncomine和Kaplan-Meier在线网站来分析核心基因的表达和总体生存率(OS)，以P<0.05为差异有统计学意义。结果通过3个数据集交集获得257个DEGs，其中包括192个上调基因和65个下调基因，这些基因生物学功能主要富集在糖衍生物结合、受体结合及大分子络合物结合，主要参与局部粘连、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路及细胞外基质受体相互作用的调节。在PPI网络中筛选出10个关键基因，Kaplan-Meier生存曲线显示，在胃癌患者中纤维连接蛋白1(FN1)、细胞表面跨膜糖蛋白分子44(CD44)、α1-Ⅰ型胶原基因(COL1A1)、α2-Ⅰ型胶原基因(COL1A2)、整联蛋白αM(ITGAM)、基质金属肽酶-2(MMP-2)、整联蛋白β2(ITGB2)高表达与更差预后明显相关，而重组人趋化因子8(CXCL8)高表达与更好预后相关。其中，FN1、COL1A1、CD44、COL1A2、ITGB2和CXCL8均在胃癌组织中高表达。结论FN1、COL1A1、CD44、COL1A2、ITGB2与胃癌的发生及预后明显相关。

简介：摘要目的通过生物信息学分析结直肠癌组织与正常癌旁组织的基因表达数据集，筛选出参与并影响结直肠癌发生发展的关键差异表达基因。方法从基因表达谱(GEO)数据库中下载3个结直肠癌组织信使RNA(mRNA)芯片数据集，为数据集GSE35279，数据集GSE50746和数据集GSE87211，共包括173个正常癌旁组织和297个结直肠癌组织。进行分析筛选，获得差异表达基因(DEGs)。使用标注可视化和集成发现数据库(DAVID)用于富集分析。通过STRING和Cytoscape数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络，并得到关键DEGs。利用UALCAN、基因表达谱动态分析(GEPIA)等数据库分析关键基因的表达和生存分析，使用Log-rank检验方法。结果在结直肠癌和正常癌旁组织中共识别出212个DEGs和10个核心基因。GEPIA总生存期曲线显示，金属蛋白酶抑制剂-1(TIMP1)、分泌型磷蛋白1(SPP1)、蜗牛家族转录抑制因子1 (SNAI1)和胰高血糖素(GCG)的表达水平与结直肠癌患者总体生存率有关。高表达组TIMP1、SPP1和SNAI1结直肠癌患者总体生存率分别显著低于低表达组患者，并且低表达组GCG结直肠癌患者总体生存率显著低于高表达组患者，其结果具有统计学意义(P<0.05)。结论筛选出4个结直肠癌临床诊断和预后的生物标志物，为进一步研究结直肠癌发病分子机制以及早期诊断和预后提供基础依据。