简介:目的分析癌胚抗原(carcinoembryonicantigen,CEA)的B细胞表位,为肿瘤治疗提供理论基础。方法以CEA的完整氨基酸序列为研究基础,采用Hopp&Woods的亲水性方案,Emini表面可及性方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以CEA的二级结构及其柔性区域分析,预测CEA的B细胞表位。结果预测的B细胞表位可能位于CEA的N端第150~160、168~172、207~211、332~338、372~377、467~472、485~490、507~516、580~584区段。结论应用多参数预测CEA的B细胞表位,可进一步用于CEA相关肿瘤治疗性表位疫苗的分子设计和研究。
简介:比较不同MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据。在众多HLA-Ⅱ类抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101,0301,0401,0701,1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链。使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣。综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高。可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ类分子抗原表位预测。不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要。
简介:提出一种基于遗传规划(geneticprogramming,GP)和进化策略(evolutionstrategy,ES)的学习方法,命名为遗传规划-进化策略(GPES),建立更准确的华法林剂量预测模型。纳入247例汉族患者。GP进化复杂特征提取,ES进化模型系数,组成模型,得出预测的华法林维持剂量,与线性回归模型、国际华法林药物基因组学联合会模型,及三种机器学习方法相比较。GPES的均方误差(MSE)(1.68×10^-2)和预测值在真实值±20%范围内的比例(20%-p)(53.33%)表现最优;其平方相关系数(R^2)(69.45%)为次优;GPES在上述3个指标在测试集与训练集中的差值δMSE(0.43×10^-2)和δ20%-p(0.92%)的绝对值最小,δR2(-10.64%)的绝对值为次小。GPES总体表现最优。因此,本研究方法GPES提高了华法林剂量预测模型的趋势相关性、精度、可用性与泛化性。
简介:目的系统评价MRI弥散加权成像(DWI)在预测乳腺癌新辅助化学治疗结果方面的准确性。方法选择PubMed、EMBASE和Cochranelibrary数据库,采用EMTREE术语(用于EMBASE)、医学标题术语(用于Medline)和文本词汇(用于其他),即('breastcancer'或'breastneoplasm')和('diffusionweightedmagneticresonanceimaging'或'diffusionweightedMRI'或'diffusionMRI'或'DWI')和('neoadjuvanttherapy'或'neoadjuvanttreatment')和('chemotherapy'或'pharmacotherapy'或'drugtherapy'),进行全面的文献检索。时间为1996年至2018年11月21日。评估纳入研究的方法学质量,对其灵敏度和特异度进行异质性检验并进行合并加权分析,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果最终纳入12篇文献,536例研究对象。Meta分析结果显示:合并加权灵敏度和合并加权特异度及其95%置信区间(CI)分别为85%[95%CI(0.76~0.92)]和78%[95%CI(0.64~0.88)]。异质性分析灵敏度(I~2=53.51,P=0.01)和特异度(I~2=83.18,P<0.001)差异有统计学意义,主要是由于存在阈值效应(r=0.694;P=0.012)。使用ROC曲线,AUC为0.89(95%CI:0.86~0.92)。Deeks漏斗图不对称检验表明,无明显的发表偏倚(P=0.54)。结论DWI是预测乳腺癌新辅助化学治疗疗效的有价值的成像工具。
简介:目的探索急性脊髓损伤后大鼠脊髓组织中c-Jun氨基末端激酶(c-Junamino-terminalkinase,JNK)基因表达与神经功能修复状态的关联。方法取健康成年雄性大鼠50只,随机选取,假手术对照组18只,实验组32只。损伤后1、12、24、72h行PCR检测,比较大鼠脊髓组织中JNK(JNK1、JNK2、JNK3)表达水平变化;损伤后12、72h选取L4/5节段脊髓行HE染色、,比较脊髓损伤大鼠脊髓组织细胞凋亡情况、神经功能变化状态(NSSh结果PCR结果显示,髓损伤大鼠脊髓组织中JNK1、JNK2、JNK3的表达,在损伤后1、12、24、72h除JNK3在相应时点表达水平与假手术组比较水平下降外,其他两项表达与假手术对照组无明显差别。L4/5脊髓HE染色结果提示,与假手术组比较,损伤后12h损伤的脊髓皮质周边EHE染色阳性细胞显著增多。随着时间推移,染色阳性细胞出现明显减少的趋势,损伤后12h的染色阳性细胞明显少于72纪损伤组NSS评分则明显更高,但脊髓损伤组损伤后不同时点比较,NSS评分渐减。结论脊髓损伤后出现JNK3表达下调的情况,可能与神经细胞凋亡以及促进损伤后神经功能的恢复有关联。
简介:观察6周六字诀锻炼对不同体位姿势状态下心率变异性频域指标的影响。采用MCA-3C心脏(功能)信息综合检测仪记录分析比较了健康女大学生6周六字诀锻炼前后坐位、平仰卧位、站立位及-25°仰卧位时心率变异性频域指标中LFnorm、HFnorm及LF/HF的变化。与锻炼前相比:(1)六字诀组(n=9)站立位及坐位时LFnorm呈极显著性减少(P〈0.01),HFnorm呈极显著性增加(P〈0.01);平仰卧位时LFnorm呈显著性减少(P〈0.05),HFnorm呈显著性增加(P〈0.05)。对照组(n=7)坐位时LFnorm则呈显著性增加(P〈0.05),HFnorm呈显著性减少(P〈0.05)。(2)六字诀组站立位时LF/HF呈极显著性减少(P〈0.01);坐位及平仰卧位时LF/HF呈显著性减少(P〈0.05)。对照组各种姿势状态下LF/HF均无显著性差异(P〉0.05)。(3)-25°仰卧位时两组各指标均无显著性差异(P〉0.05)。6周的六字诀锻炼可使自然呼吸状态下安静时心率变异性低频段成分降低、高频段成分增加,显示交感神经紧张性相对减弱、迷走神经紧张性相对增强。锻炼效果主要体现在站立位、坐位和平仰卧位时,而在-25°仰卧位时则表现不明显。
简介:骨表观力学性能参数常被用来评定骨质量,而微观力学性能参数由于难以测得尚未被广泛应用。为从微观水平评判骨质量,本研究提出一种骨微观力学性能参数的预测方法。该方法以大鼠股骨皮质骨为研究对象,预测其在微观水平的失效应变。首先依据扫描影像建立大鼠股骨皮质骨有限元模型,然后以表观压缩实验为研究依据,模仿实验条件,模拟皮质骨有限元模型在压缩载荷作用下的断裂过程,并通过与实验所测表观应力-应变曲线进行对比、反演,预测出大鼠股骨皮质骨在微观水平的失效应变。分析结果显示四只7月龄大鼠股骨皮质骨的微观失效应变数值处于4.53%-4.75%之间。经验证,本方法能够准确预测出骨结构在微观水平的力学性能参数。