简介：为了提高抗病性分子标记检测的效率,为番茄病害检测及多抗品种选育提供技术依据,本研究通过改良CTAB法、96孔深孔板快速提取番茄微量叶片DNA;利用抗根结线虫病Mi标记,在L16(45)正交设计试验基础上,采用直观量化分析和方差分析两种方法,对番茄实用化PCR分子标记PCR反应的5个因素(引物,Mg2+,dNTPs,模板DNA和Taq酶)进行优化;随后分别筛选黄化曲叶病毒病、烟草花叶病毒病、根结线虫病、枯萎病、叶霉病和颈腐根腐病6种病害的8个实用化PCR分子标记PCR程序的退火温度;并对循环次数进行筛选;最后利用优化后的PCR体系与程序对供试的1442份番茄材料(包括番茄种质资源,群体材料,组合及品种)进行抗病性鉴定。结果表明番茄实用化PCR分子标记的PCR最佳反应体系(20μL)为引物0.5μmol/L、Mg2+1.5mmol/L、dNTPs0.3mmol/L、DNA480ngDNA、聚合酶1.0UTaq;PCR程序中8个分子标记共同最适退火温度为56℃,最佳循环次数为33次;筛选出585份多抗(含2种以上的抗病基因)番茄材料,可作为中间材料或亲本材料进行多抗品种选育。该实用化PCR分子标记的PCR体系的建立为番茄利用抗病基因分子标记检测与筛选多抗种质资源、品种或群体材料提供了标准化的程序。

简介：国内外关于不同地域亚洲棉遗传多样性是否存在较大差异尚无详细报道。本研究对来源于印度、越南和中国（贵州,广西和云南等省）不同地域的102份亚洲棉进行了SSR遗传多样性分析。研究结果显示，26对SSR引物共检测到103条多态性条带，平均每对引物扩增出约3.96条多态性片段；SSR引物组合平均多态性信息含量、基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.59、0.2835和0.4361；不同地域的亚洲棉遗传多样性程度不同；UPGMA聚类分析和主成分分析结果基本一致，102份亚洲棉可以聚类到三个组，来源于云南的滇亚16号与其他种质遗传距离较远，单独归为一个组。研究结果表明，亚洲棉具有丰富的遗传多样性，不同地域的亚洲棉遗传多样性不同。

简介：本研究利用SSR标记对15份葡萄种质进行了遗传多样性分析。从30对SSR引物中筛选出11对多态性引物,共扩增出107条带。每对引物可检测到等位位点数为4～22,多态率为75%～100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,15份葡萄种质的遗传相似系数在0.20～0.98,平均遗传相似系数为0.398。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.29处,15份葡萄材料可分为2大类群。第一类包含7份山葡萄资源,2个山欧杂交品种,第二类包含3个欧亚种品种、2个欧美杂种品种和1个美洲杂种品种。由此可见,山葡萄与欧亚种、美洲杂种的亲缘关系较远,欧亚种与美洲种之间亲缘关系较近。此外,引物Vmc9a2.1、VMC4F3、VMC4A1、Scu14vv分别在欧亚种‘无核白’、‘山葡萄雄株’（雄1-2,雄1-3）、山葡萄‘左山二’、山葡萄‘双丰’扩增出一条特性条带,这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据。

简介：辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对SSR辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种（亚种）的24份辣椒种质资源对152对SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对SSR多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明：41对SSR引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、香农指数（Shannon-Weaver）（I）、多态信息含量（PIC）的均值结果分别为4.0861、0.4198、0.7247、1.4232、0.6654,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。

简介：为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

简介：甘氨酸甜菜碱是植物细胞内一种重要的调渗物质，盐胁迫下，甘氨酸甜菜碱的积累可以保护细胞内蛋白质的结构和功能，降低细胞水势，从而增强植物自身的耐盐能力。从大肠杆菌中克隆的胆碱脱氢酶基因（betA）是甘氨酸甜菜碱合成的关键酶基因，该基因编码的胆碱脱氢酶（CDH）可将胆碱一步合成为甜菜碱。本实验室已将胆碱脱氢酶基因（betA）转入到小黑杨花粉植株基因组中，并最终获得了4个转基因株系。本研究以4个转betA基因株系（TB1、TB2、TB3、TB4）及非转基因对照为试材，在浓度为1．2％的NaCl盐胁迫下，测定其甜菜碱含量、超氧化物歧化酶（SOD）活性、过氧化物酶（POD）活性和丙二醛（MDA）含量，并调查试材的盐害情况，计算盐害指数，目的是为了研究转基因株系的耐盐效果，从中筛选出耐盐能力较强的转基因株系。试验结果表明，4个转基因株系的甜菜碱含量均高于非转基因对照；在1．2％NaCl胁迫下TB1、TB2、TB3的超氧化物歧化酶活性、过氧化物酶活性均高于非转基因对照，TB3低于对照：TB1、TB4的丙二醛含量低于对照，TB2、TB3与对照相近。进一步的盐害分析表明4个转基因株系中的TB1和TB4株系的盐害指数低于对照的42．1％和33．4％，TB2、TB3与对照无显著差异。综合各转基因株系的耐盐性及生理指标测定结果，4个转基因株系中，TB1、TB2的耐盐性明显优于对照，有希望用于盐碱地造林及推广。

简介：以福建白砂林场马尾松实生种子园家系及其自由授粉子代为研究对象,从215对微卫星（SSR）引物中筛选出12对多态性比较理想者作为分子标记对种子园进行遗传多样性分析,研究结果主要如下：（1）子代群体等位基因数（A）平均为5.9167个,有效等位基因数（Ne）平均为2.3788个,Shannon多样性指数（I）为1.0348,平均期望杂合度（He）0.5745,Nei多样度为0.5740。各项指标均表明马尾松实生种子园子代群体具有较高的遗传多样性。群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.504。（2）将冠层分上、中、下三层进行遗传多样性研究,发现其在冠层上无明显差异。（3）将所得的亲代群体指数与子代群体指数相比,发现子代群体遗传多样性未减弱。（4）两年度的多样性调查结果发现遗传多样性始终保持较高的水平。

简介：本研究对219份茄子种植资源进行耐涝性鉴定,获得了219份材料的耐涝表型数据。用196个SSR标记对219份茄子种质资源基因组进行扫描,分析219份茄子材料的群体结构及亲缘关系,并采用TASSEL软件的一般线性模型（GLM）方法对标记与性状进行关联分析。最终得到了219份茄子材料的群体结构、亲缘关系以及与茄子耐涝性紧密关联的27个分子标记,为茄子耐涝分子标记辅助育种提供一定参考。

简介：磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶是（phosphoenolpyruvatecarboxylase，PEPC）是C4光合途径的关键酶之一。为了解籽粒苋PEPC基因密码子的使用特性，运用CHIP、CUSP、CodonW和SPSS软件分析籽粒苋PEPC基因密码子的偏好性，并分别与其他24种物种PEPC以及模式生物基因组进行比较。结果显示，籽粒苋PEPC基因偏好使用A～T结尾的密码子，26种偏好密码子（RSCU〉1）qh偏好性较强的有GCT、CTC和GTG（RSCU较强）。与其他物种同源基因相比，密码子选择偏性存在差异。进化树分析表明，基于雎PC基因编码序列聚类结果比密码子使用偏性分类结果能更准确地反映物种间的亲缘关系；密码子使用频率比较结果发现，酵母真核表达系统更适用于籽粒苋PEPC基因异源表达实验，而籽粒苋PEPC基因与模式植物基因组之间密码子使用偏性差异较小，尤其番茄可能为该基因转基因研究最为理想的受体。本研究为籽粒苋PEPC基因在作物高光效基因工程中选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供了前期的研究基础。

简介：为了进一步了解大兴安岭不同类型云杉遗传多样性和亲缘关系,本研究采用正交设计方法,优化了云杉SRAP反应体系,筛选出14条多态性引物,分析了不同类型云杉物种水平和群体水平上的遗传多样性。结果表明:云杉12.5μLSRAP-PCR最佳反应体系为正反向引物0.3μmol/L、2×TaqMasterMix5.0μL、DNA模板量20ng;14对引物总扩增条带为149,多态性条带为69,多态性比率为46.30%,平均每对引物扩增的多态性条带为4.93。观测等位基因数为2.00,平均有效等位基因数为1.58;有效等位基因数(Ne)、香浓信息指数(I)和Nei’s遗传相似系数(H)在物种水平上分别为1.4970、0.5142和0.3513;在群体水平上分别为1.3803、0.2732和0.4200;各群体遗传多样性指数依次排序为泥炭藓红皮云杉>杜香越桔红皮云杉>越桔偃松鱼鳞云杉>塔藓越桔鱼鳞云杉>塔藓鱼鳞云杉;塔藓越桔鱼鳞云杉与越桔偃松鱼鳞云杉群体之间的遗传距离最近,杜香越桔红皮云杉与塔藓鱼鳞云杉群体之间的遗传距离最远。研究表明,大兴安岭5种类型的云杉林的种间遗传变异大于生境对相同云杉种产生的遗传变异。本研究为大兴安岭不同类型云杉的开发利用和种质资源保护提供科学依据。

简介：微卫星标记（SSR）在近缘物种间具有通用性,因其高效率、低成本可广泛用于跨物种间的遗传多样性分析、基因定位和图谱构建等。本试验基于甜瓜基因组测序结果开发了120对SSR标记,研究其在8种葫芦科作物间的通用性及作物内的多态性,并利用NTSYS软件分析37份不同瓜类作物材料间的遗传多样性。结果显示,114对标记均在甜瓜基因组中得到有效扩增,黄瓜中有108对标记有效扩增,通用性比率为94.7%,南瓜中能有效扩增标记最少,其通用性比率也达到了41.2%,在8种葫芦科作物间均通用的标记有29对;通过对通用性标记的多态性分析表明,甜瓜多态性比率最高为61.4%,西瓜、黄瓜、苦瓜、冬瓜、西葫芦、南瓜和丝瓜多态性比率分别为32.5%、14%、4.4%、8.8%、3.5%、13.2%和11.4%;不同作物间的平均遗传相似系数在0.70~0.83之间,其中甜瓜和黄瓜平均遗传相似系数较小,亲缘关系较近,西葫芦和南瓜间的平均遗传相似系数最小,亲缘关系最近。这些通用性标记将有利于提高葫芦科作物整体分子生物学研究水平。

简介：利用10对SSR引物对南宁地区5个金花茶种群进行遗传多样性分析,探讨金花茶边缘种群及变种小果金花茶的遗传多样性,为金花茶的合理保护提供科学依据。结果显示:小果金花茶平均等位基因数(A)、有效等位基因数(Ae)、期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为4.40、2.433、0.533和0.429,表明小果金花茶具有较低水平的遗传多样性。STRUCTURE聚类分析显示,5个金花茶种群按照两变种分为2个组。AMOVA结果和遗传分化系数(FST)均表明两变种间存在很大的遗传分化。位于平果县坡造乡的金花茶边缘种群具有最低水平的遗传多样性(PPB=50%,A=1.70,Ho=0.100),与主分布区种群间存在很大的遗传分化。基于以上结果表明,小果金花茶和平果县坡造乡边缘种群应当作为独立保护单元保护起来。

简介：为探究萝卜肉质根中Chs基因的表达量与色素含量的关系,以16份不同类型萝卜为材料,在抽薹前测定肉质根色素含量和Chs基因的表达量。结果表明,不同类型萝卜肉质根Chs基因的表达量在0.0988~6.4321之间,平均值为1.4017,肉质根色素含量在0.001%~2.543%之间,平均值为0.804%。方差分析表明,16份不同类型萝卜肉质根间Chs基因表达量（F=2.3540,p=0.0001）和色素含量（F=114.2940,p=0.0001）差异均极显著,红皮红心萝卜的Chs基因表达量和色素含量均显著高于其他肉质颜色萝卜。相关分析表明,萝卜肉质根Chs基因的表达量与色素含量的相关系数为0.83,且相关系数达极显著水平。说明萝卜肉质根的色素含量与Chs基因的表达量高度相关,Chs基因可能是萝卜花青素合成的关键基因之一。Chs基因可作为萝卜色素生产基因工程中的候选基因,用于高色素含量萝卜新品种的选育。

简介：研究甘蓝型油菜种质的遗传多样性，以提高甘蓝型油菜种质的利用效率。本研究从140对甘蓝型油菜SSR引物中，筛选出40对多态性好的SSR标记，并结合植株田间农艺性状特征鉴定，对63份来自四川的甘蓝型油菜种质资源进行遗传多样性、群体结构和性状关联分析。研究结果表明：40对多态性好的引物共检测到152个等位变异，引物平均多态性位点3．8，平均多态信息量（PIC）0．8497；在带型分析基础上，根据相似系数将参试材料聚为5大类群，多数参试材料属于第2、3大类群；在SSR多态信息基础上，对参试材料进行群体结构分析，将参试材料分为4个群体，86％的参试材料Q值大于0．70。对40个SSR位点与8个主要农艺性状用TASSEL软件的GLM（generallinearmodel）模型进行关联分析，共检测到15个位点与农艺性状显著相关，其中6个位点极显著相关。这6个SSR位点分别为：yw222和ywy05标记与全株角果数极显著相关，yw140和yw134标记与主序角果数极显著相关，ywy19和yw138标记与一次分支数极显著相关；其中ywy19同时与每角粒数、主序角果数、主序有效长显著相关。研究结果表明，本研究参试材料具有较好的代表性，遗传多样性较丰富；研究分析所得与农艺性状极显著关联的SSR标记位点在提高甘蓝型油菜种质的利用效率方面具有重要的实践意义。

简介：本研究利用MISA工具筛选灯盏花基因组测序获得的462622条scaffolds,对其SSR位点信息进行分析,Primer3设计SSR引物,随机选取200对引物对60株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明：从灯盏花基因组中搜索到的231852个SSR位点中,二核苷酸基序是主要的重复类型,占总SSR的47.14%;AT/AT是最多的二核苷酸重复基元,占二核苷酸重复基元的74.60%,AAT/ATT是出现最多的三核苷酸重复基元,占三核苷酸重复基元的15%。PCR扩增发现,200对引物中有30对（15%）表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记,利于开展灯盏花的遗传育种研究。

简介：霜霉菌是一种在十字花科作物中寄主范围很广的专性寄生菌。本研究综合运用病菌形态学观察、病菌致病性测试和rDNA-ITS序列分析三种方法对北京地区的大白菜和甘蓝寄生霜霉菌进行比较，以期发现二者的进化关系。结果显示：两种病原菌在形态学上没有明显区别；但是对大白菜的致病力具有显著差异：大白菜霜霉菌对大多数参试的大白菜材料具有致病性，而甘蓝霜霉菌只是诱导大多数大白菜材料产生过敏反应，对个别易感大白菜材料具有较弱致病力；将rDNA—ITS序列提交至NCBI，大白菜和甘蓝霜霉菌的rDNA—ITS序列登录号分别为JF975613和JF975614，序列比对发现二者的序列一致性高达99．59％；利用19个十字花科霜霉病菌的ITS序列构建系统进化树，结果表明二者与寄生在甘蓝和甘蓝型油菜上的霜霉菌以100％的支持率聚在同一分支。

简介：为了更好地在荔枝杂交育种中判别真杂种，以荔枝两个人工杂交群体‘雪怀子’ב桂味’和‘雪怀子’ב焦核三月红’的F，代为材料，利用EST．SSR标记进行真假杂种鉴定，创建作图群体，并对两个群体进行遗传多样性分析。结果表明，分别采用4对引物组合即可实现对两个杂交群体F。代单株100％的鉴定，两个群体的159个单株均为真杂种；且两个群体后代叶片形态存在变异，基因型上产生了不同于亲本的扩增谱带。经聚类分析发现，群体‘雪怀子’ב桂味’113个F1单株被聚为6大类（相似性系数0．68），63．72％（72株）后代与父本聚为一类，28．3％（32株）单株与双亲距离较远，推测这些单株中出现了较大的遗传重组或变异。在相似系数0．642处，‘雪怀子’ב焦核三月红’组合的46株杂种后代分为两大类，该组合大部分单株（60．87％）与母本亲缘关系较近，具有偏母本遗传倾向。可见，EST．SSR标记适合荔枝真假杂种鉴定，两个F1作图群体的创建为荔枝遗传连锁图谱构建奠定基础，同时为荔枝的品种改良积累材料。

简介：根据刺五加鲨烯合酶基因2（squalenesynthase,SS2）和鲨烯环氧酶基因1（squaleneepoxidase,SE1）的DNA序列,通过Southern杂交和qRT-PCR法确定SS2和SE1的拷贝数。以actin为内参照基因,利用qRT-PCR法和分光光度法确定不同SS2和SE1拷贝数下的基因表达量和皂苷含量。结果表明,刺五加的SS2存在1和2拷贝,SE1存在1、2和3拷贝的类型及其相互组合的6种拷贝数组合基因型。刺五加SS2和SE1的表达量与皂苷含量均随拷贝数的增加而显著提高（p〈0.05）,两者间存在极显著的正相关关系（P〈0.01）。SS2和SE1每增加1个拷贝可使皂苷含量分别提高0.57和0.42倍。研究结果为进一步揭示刺五加皂苷含量差异形成的分子机理奠定了基础。

简介：SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获得3072个SNP位点和40对SSR引物的基因型数据,分析比较各个参数。结果显示：（1）两种标记数据获得率均较高,3072个SNP位点平均数据获得率为98.4%,40对SSR引物平均数据获得率为99.47%。（2）两种标记均具备较高品种区分能力,3072个SNP位点平均MAF（minorallelefrequency）值为0.357,MAF值大于0.30占71%,平均DP（discriminationpower）值为0.515,DP大于0.5的占56%;40对SSR引物平均PIC（polymorphisminformationcontent）值为0.605,PIC大于0.51有32对,平均DP值为0.745,DP值大于0.71有29对。（3）两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4~0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%~99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36~40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。

简介：水稻育性恢复基因Rf-1是目前水稻上克隆的唯一恢复基因。通过位于Rf-1位点的两个特异性CAPS（cleavableamplifiedpolymorphicsequences）标记对滇I型、野败型、红莲型及BT型恢复系基因型分析，发现这四种不同胞质的恢复系在Rf-1位点具有相同的带型，滇I型的两个保持系具有不同的带型。结果表明这四种不同胞质系统的恢复系均具有Rf-1基因。该结论与从恢复系选育的系谱分析的结果相一致的。