简介:摘要目的构建基于免疫基因的胃癌预后评估模型。方法从癌症基因组图谱数据库下载胃癌测序、临床数据并整理。将胃癌样本分为训练集(221例)、验证集(147例),在训练集中依次采用单因素、多因素Cox分析,构建免疫基因预后评估模型,并在验证集中验证。采用单样本富集分析将测序数据转化成28种免疫细胞比例的数据,分析高、低风险组与免疫细胞浸润的相关性。筛选高、低风险组差异基因并进行富集分析。结果由9个免疫基因(PROC、IGKV1D-43、CLCF1、TAFA4、NOX4、INHA、ITGAV、FABP3、IL27RA)构建的风险评估模型,是影响胃癌预后的独立危险因素。训练集、验证集Kaplan-Meier生存曲线显示,对比低风险组,高风险组5年总生存率显著降低[50.5%(55/111)比20.0%(22/110),43.2%(32/74)比24.7%(18/73),均P<0.05];训练集受试者工作特征曲线(ROC)第1、3、5年曲线下面积(AUC)值分别为0.69、0.71、0.78,验证集ROC第1、3、5年AUC值分别为0.56、0.71、0.78。另外,高风险组浸润的活化CD4+ T细胞的比例显著降低(P<0.05)。高、低风险组差异基因主要富集于PI3K-AKT等通路。结论基于生物信息学方法构建的胃癌预后评估模型可成为胃癌预后判断的新指标。
简介:摘要目的对杜氏肌营养不良(DMD)基因新发突变家系生育史女性妊娠再发风险的情况进行总结分析,阐明新发突变家系DMD基因突变规律,并探讨此类家系遗传咨询的模式。方法收集2013年1月至2017年12月在河南省人民医院就诊DMD家系64例,首先应用多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术对DMD家系患者及其母亲DMD基因79个外显子进行缺失或重复分析,选取患者DMD基因突变而其母亲DMD基因未见突变的新发突变家系纳入本研究,然后利用MLPA技术联合短片段串联重复序列(STR)基因连锁分析对新发突变家系女性再妊娠进行产前诊断。结果64个DMD基因新发突变家系均为DMD基因外显子缺失突变家系;共对65例胎儿进行产前诊断,其中性别决定基因(SRY)阴性26例,SRY阳性39例,DMD基因无突变63例,DMD基因外显子缺失突变2例,产后随访与产前诊断结果一致。结论DMD基因新发突变家系外显子突变主要表现为外显子的缺失突变,集中在45~55外显子区域,对于新发突变家系,有DMD患者生育史的女性,即使DMD基因外显子未见突变,仍建议其孕期进行DMD产前诊断。
简介:摘要目的探讨多基因遗传风险评分(PRS)与胃癌发病年龄及早发风险之间的关系。方法基于胃癌全基因组关联研究,以胃癌病例为研究对象,利用112个与胃癌发生风险有关的单核苷酸多态性位点构建PRS,采用方差分析和Pearson相关性检验分析PRS水平与胃癌发病年龄的关系。将发病年龄<50岁的病例定义为早发胃癌病例,以低遗传风险(PRS≤20%)为参照组,采用Cox比例风险模型以早发诊断年龄为时间变量分析中遗传风险(PRS:20%~80%)和高遗传风险(PRS>80%)与胃癌早发风险的关联。结果共纳入8 629例胃癌病例,其中,男性6 284例(72.82%),女性2 345例(27.18%),发病年龄为(60.61±10.80)岁。PRS水平与胃癌发病年龄呈显著负相关(r=-0.05,P<0.001),PRS越高胃癌发病年龄越小,低、中、高遗传风险组胃癌发病年龄分别为(61.68±10.33)岁、(60.53±10.79)岁、(59.80±11.20)岁。PRS与胃癌早发风险呈剂量反应关系(中遗传风险:HR=1.19,95%CI:1.03~1.39,P=0.022;高遗传风险:HR=1.44,95%CI:1.20~1.71,P<0.001)。结论高PRS不仅增加胃癌发病风险,同时也是胃癌早发的危险因素,PRS可作为遗传检测指标评估胃癌发病和早发风险。
简介:摘要:遗传学研究生物的遗传、变异及其规律;人类对遗传的研究从性状开始的,遗传因子的发现到证明遗传密码的存在并破译遗传密码的过程是人们认识遗传的物质基础并揭示遗传规律的过程,在此过程当中遗传基因这个抽象的概念在思维上和实质上逐渐接近染色体、DNA;然后科学家们证明基因是有遗传效应的DNA的片段,从此基因不再是抽象的概念,以后人们又发现性状的表达离不开蛋白质(酶)合成,于是科学家们推测并证明基因通过指导蛋白质的合成而控制生物的性状,于是最终孟德尔的假设得到了科学解释。人民对遗传学的研究是实质上揭示基因表达的过程,这是生物学史上的重大发现。
简介:目的比较HBVS基因与HCVC基因真核表达质粒融合基因免疫与联合基因免疫的效果,为HBV和HCV融合基因疫苗研究奠定基础。方法将同时含HBVS基因与HCVC基因的真核表达质粒SCpcDNA3.1、含HBVS基因真核表达质粒SpcDNA3.1、含HCVC基因真核表达质粒CpcDNA3.1分别免疫小鼠;将SpcDNA3.1+CpcDNA3.1联合免疫小鼠。ELISA法检测血清抗HBs和抗HCV。结果无论是抗HBs和抗HCV阳转出现的时间、阳转率和体液免疫应答强度,融合基因免疫都优于联合基因免疫:融合基因免疫的抗HBs的应答强度低于SpcDNA3.1质粒的免疫,抗HBc的应答强度高于CpcDNA3.1质粒的免疫。结论HCVC基因或其表达产物对HBVS基因或抗原的表达和提呈有抑制作用;HCVC基因与HBVS基因相融合,更有利于HCV核心蛋白的提呈。
简介:摘要目的探究精神分裂症表达异常的致病风险基因。方法选取56 418例精神分裂症患者与78 818名健康对照者的全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据和大脑表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTLs),采用基于汇总数据的孟德尔随机化(summary data-based mendelian randomization analysis,SMR)整合分析精神分裂症的重要风险致病基因,并采用精神分裂症患者尸脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元、人诱导多能干细胞(human induced pluripotent stem cell,hiPSC)和全血表达数据集进行差异表达分析,以验证风险基因表达失调情况。结果基于SMR共发现16个精神分裂症风险基因(PSMR<5×10-6),分别为C4A、HLA-C、EMB、SLC9B1、PCDHA7、BTN3A2、KRT8P46、PCDHA8、SFMBT1、PCCB、WBP1L、BTN3A3、MUSTN1、PPM1M、TYW5和SF3B1。差异表达分析结果进一步验证显示,SF3B1在大脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元(Padjust=5.22×10-3)和hiPSC(Padjust=1.41×10-4)中表达水平均显著下调。WBP1L在hiPSC(Padjust=1.28×10-8)和全血(Padjust=1.17×10-4)中表达水平均显著上调。TYW5(Padjust=3.06×10-6)在hiPSC中表达水平显著上调,PCCB(Padjust=1.34×10-4)、BTN3A2(Padjust=1.48×10-3)、PPM1M(Padjust=5.13×10-6)和PCDHA8(Padjust=4.31×10-2)在hiPSC中表达水平显著下调。BTN3A3(Padjust=2.18×10-2)在全血中表达水平显著下调。结论精神分裂症风险基因SF3B1、TYW5、PCCB、BTN3A2、PPM1M、PCDHA8、WBP1L和BTN3A3异常表达可增加发病风险。