简介：通过对犬冠状病毒TN449株纤突蛋白基因的克隆测序，将获得的序列与GeneBank中登陆的犬冠状病毒不同毒株S基因序列进行比较，分析它们的同源性、差异程度，同时绘制核苷酸序列及其氨基酸序列的系统进化树。有助于了解犬冠状病毒的抗原变异、血清型和毒力变化规律。

简介：摘要目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物，采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒，并获得该病毒接近全长基因组，命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构，相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655，哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783，推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇，表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先，也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示，4只鼠类为阳性，阳性率为1.8%，其中3只为褐家鼠，1只为黑线姬鼠，均来自山东省济宁市。结论新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性，为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

简介：摘要腺相关病毒载体（AAV）是目前最重要的病毒工具，已在基因治疗领域得到广泛应用；因其具有体积小、无包膜、无致病性等特点，故而是治疗遗传性视网膜疾病的主要手段之一。目前针对原癌基因酪氨酸激酶基因治疗视网膜色素变性、ND4基因治疗Leber遗传性视神经病变以及Rab伴随蛋白-1基因治疗无脉络膜症的临床试验均发现约一半的患者视力改善。针对AAV基因治疗Leber先天性黑矇、X连锁视网膜劈裂症、全色盲以及老年性黄斑变性的临床试验也正在开展。而关于Stargardt病、Usher综合征、真性小眼球的AAV基因治疗尚在动物实验或理论阶段。目前AAV基因治疗主要用于隐性遗传性视网膜疾病，对于显性遗传性视网膜疾病需采用成簇规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白9技术等来干预。对于遗传性视网膜疾病的治疗，这将是一个重要且复杂的系统性工程，需投入更多人力物力共同参与和研究，期待在不久的将来能有大的突破。

简介：慢病毒载体（lentivirusvector,LV）是作为目前研究最多的外源性转基因载体之一,在基因转染方面有着许多独特的优势,例如,对细胞是否处于有丝分裂期没有特别的要求,基因转染效率高,可容纳较大基因片段等。本文就慢病毒载体系统的概述、肿瘤的基因治疗、转基因动物模型构建等方面进行综述。

简介：摘要目的分析汕头市2018年和2019年登革病毒主要流行毒株的分子特征，探讨两年间该市登革热呈现截然不同的流行态势的内在原因，同时了解病毒的传播特点和途径，为登革热疫情的防控提供决策依据。方法对2018年和2019年检测到的共872例核酸阳性样本进行病毒核酸含量判定、E基因扩增和序列测定，并构建系统进化树，从树结构上分析毒株的同源性特点，并推测可能的来源和传播途径。结果共获得登革毒株的E基因序列99条，其中1型序列68条，2型序列31条；2018年的登革热呈现散发态势，系统进化树显示对应的毒株呈现多源性特点，与发现于广州及东南亚地区的毒株密切相关；2019年的登革热呈现暴发态势，对应的流行毒株主要为单一来源特点，毒株来源推测为柬埔寨。结论汕头市登革热的本地流行主要为当年的输入性毒株引起的，未见往年本地毒株引起的流行；东南亚地区或为汕头市流行的登革毒株主要发源地，并可通过多种路线传入汕头市。

简介：应用多聚酶链反应(PCR)，直接从SIV感染的猴艾滋病(SAIDS)模型猴的外周血淋巴细胞总DNA中扩增出767bp的SIV核心蛋白P27基因片段。扩增产物经EcoRI及SalI双酶切后，克隆入相同酶切的表达质粒pBV^220中，获得含SIV核心蛋白基因片段的重组质粒pBVSG．并进行DNA序列分析，用该重组质粒转化大肠杆菌DHBa经筛选，增殖及42℃温度诱导，SDS—PAGE表明外源基因表达蛋白含量占菌体总蛋白14．5%，Western-blot证实表达产物能被SIVP27单克隆抗体及SAIDS模型猴血清中特异性抗体识别。

简介：摘要目的探讨腺病毒载体介导神经生长因子(NGF)体外转染大鼠肌源干细胞(MDSCs)应用于基因治疗的可行性。方法培养并纯化MDSCs细胞株，采用具有高效转染能力的腺病毒载系统将NGF基因导入MDSCs中，采用绿色荧光蛋白(EGFP)荧光技术检测转染率、实时荧光定量PCR (qPCR)检测目的基因NGF的表达情况。结果腺病毒感染MDSCs的感染复数为1000时最佳，感染率可达80%。EGFP自72 h时荧光表达开始逐渐增强。转染的MDSCs中NGF基因高表达。结论通过携带NGF的腺病毒载体可以成功转染MDSCs,从而上调目的基因在肌源干细胞中的表达；且通过腺病毒介导转染的目的基因NGF不会导致肌源干细胞的过度增殖和凋亡。

简介：摘要目的分析感染乙型肝炎病毒患者的不同基因型与亚型临床特点。方法回顾性分析100例感染乙型肝炎病毒患者的临床资料，采取PCR-RFLP鉴定法对血清中的病毒基因型与亚型进行鉴定，并分析其临床特点。结果鉴定出乙肝病毒B与C基因型最多，而无其他基因型；其中B基因型全部为Ba亚型，而C基因型则包括C1与C2亚型；各个基因型在慢性乙肝、肝硬化及无症状携带者中的分布并无显著性差异(P>0.05)，但B基因型患者的平均年龄要明显低于C基因型患者(P<0.05)。结论感染乙型肝炎病毒中最为常见的病毒基因型为B与C基因型，其中亚型则以Ba与C1、C2基因型常见，B基因型者平均年龄要明显低于C基因型者，但不同基因型在疾病中的分布并无差异。

简介：人巨细胞病毒感染及巨细胞病毒疾病是异基因造血干细胞移植后的常见并发症，巨细胞病毒性间质性肺炎是移植后巨细胞病毒疾病的主要类型，如未能及时检出和救治则病死率极高，为探讨采用免疫组化法测定人巨细胞病毒的方法学，指导临床治疗，我们采用免疫组化法对45例（慢性粒细胞白血病23例，急性髓性白血病7例，急性淋巴细胞白血病6例，骨髓增生异常综合征4例，非何杰金氏淋巴瘤3例，再生障碍性贫血2例）进行造血干细胞移植后巨细胞病毒抗原血病的检测，并与巨细胞病毒血清学检测进行了对比，45例中38例患者进行了异基因外周血干细胞移植。2例骨髓移植，5例外周血与骨髓共移植，移植前，对供/受者均进行巨细胞病毒抗体检查；移植后，受者采用本方法进行抗原检查，结果表明，有25例患者发生巨细胞病毒相关性间质性肺炎移植后随访时间为6-28个月（平均时间为18个月），根据巨细胞病毒检测结果进行预防性治疗的患者预后较未进行预防性治疗的患者有明显差异。预防组巨细胞病毒相关的死亡率为1/29，未预防组为12/16，提示采用免疫组化法对异基因造血干细胞移植患者进行定期随访监测可更早期、快速的检出巨细胞病毒感染，对患者预后有重要意义。

简介：摘要基因测序作为新型冠状病毒确诊的两种方法之一，其检测原理区别于实时荧光定量PCR（RT-PCR），在临床应用中有其优势及挑战。病原宏基因组测序（mNGS）是目前临床上最常用的病原基因测序方法。mNGS对病原广覆盖的特点不但使其对于新型冠状病毒这类新发病原体的快速鉴定具有其他方法学无可比拟的优势，还可以同时为其他病原和混合感染的精准诊断提供依据。但另一方面，由于mNGS操作复杂、检测时间相对较长等原因，在新型冠状病毒的检测上无法实现大范围推广、快速诊断的目的。因此，mNGS可与RT-PCR技术联合使用，实现优势互补。

简介：摘要目的探讨N-Myc下游调节基因2(NDRG2)在膀胱癌(BCa)细胞中放射抗性中的表达情况及作用。方法体外培养T24细胞，采用不同剂量的X射线(0、2、4、8、10和20 Gy)照射T24细胞，筛选最佳的X射线剂量作后续处理，建立放射抗性BCa细胞系T24/R，使用CCK-8法检测细胞毒性，分别采用流式细胞仪、transwell测定T24/R细胞和T24细胞增殖、侵袭能力的差异。Western blot检测细胞中上皮-间质转化(EMT)相关蛋白的表达。在T24/R细胞中过表达NDRG2，X射线放射剂量逐渐递增的情况下处理两组细胞，检测T24/R组(control组)和T24/R-NDRG2组中细胞生存比例，2 Gy剂量处理后检测细胞迁移能力的变化。结果X射线剂量≥2 Gy时可显著抑制细胞活力，因此选择2 Gy X射线照射作为BCa细胞毒性的最佳条件并成功建立T24/R放射抗性细胞系；凋亡检测发现在T24/R组中S期细胞数量较T24组增加[(26.49±4.5)% vs (14±2.6)%，P<0.05]；transwell检测发现，T24/R较对照组T24细胞显示出更强的迁移能力(P<0.05)，但两组细胞EMT相关蛋白的表达差异无统计学意义(P>0.05)。在放射剂量逐渐递增的情况下处理两组细胞，发现NDRG2的过表达降低了T24/R细胞放射抗性的存活率(P<0.05)和迁移能力(P<0.05)。结论BCa细胞的放射抗性是肿瘤局部复发的原因之一，上调NDRG2的表达可抑制T24细胞的放射抗性，因此可作为放射抗性BCa患者的治疗候选方案。

简介：摘要目的了解2019年漳州市本地登革热疫情病原学特征及可能的传染来源。方法采集疑似登革热患者急性期的血清样本，通过实时荧光定量RT-PCR进行病毒检测和血清分型。对于阳性标本，通过RT－PCR扩增E基因的全长片段，并进行测序和分析。结果2019年漳州市共有登革热本地病例98例，集中在诏安县、龙海区、云霄县3个区县。本研究中选取了代表各区县不同来源的14株登革病毒E基因序列，其氨基酸序列毒力位点分析发现本地流行株均属于毒性相对较强的毒株，系统进化树显示本地流行株均为DENV-I，其基因型为I型，分为a、b、c进化分支。a进化分支包含了所有诏安县和龙海区序列，又分成了3个亚分支，b、c进化分支均为云霄县的序列，除诏安县深桥镇和龙海区海澄镇的毒株关联度较高，其余地区均局限于各乡镇所在范围，且各进化分支均与同年流行的国内其他地区及东南亚相应国家较为接近。结论2019年漳州市登革热本地疫情暴发存在多个输入来源，可能是由国内其他地区或者东南亚国家的登革热输入病例引起的，同时存在本地的跨县域传播可能。

简介：摘要目的了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法收集病例急性期咽拭子标本，应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果核酸检测显示，70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27)，N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示，同武汉参考株(NC_045512)序列相比，测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点，共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点，其中S蛋白区核苷酸突变位点9个，氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点，基因组高度同源，属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论应对境外输入性COVID-19进行持续监测，适当延长隔离观察期限，降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险；通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况，进行快速溯源，为我省后续精准防控提供有力依据。

简介：摘要目的对引发2022年5月山东省荣成市COVID-19疫情的SARS-CoV-2进行全基因组测序，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法应用高通量测序技术对15份来源于某水产进口公司相关COVID-19聚集性病例鼻咽拭子样本和3份环境样本进行病毒全基因组测序。使用病毒序列和变异分析软件，对测序原始数据进行全基因组序列拼接和变异位点分析并对病毒进行分型，利用进化分析软件构建系统发育树，并结合病例流行病学调查结果，追溯病毒的潜在来源。结果成功获得13条来源于病例样本的SARS-CoV-2全基因组序列，长度为29 653~29 780 bp，平均测序深度为1 756~6 565 X，基因组覆盖度为99.20%~99.63%；Pangolin分型结果显示13个SARS-CoV-2基因组均属于VOC/Gamma(P.1.15)分支；与武汉参考株(NC_045512.2)相比，13条SARS-CoV-2全基因组序列分别存在40~41个核苷酸突变位点；在7个蛋白质结构域(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、ORF8、ORF9b及N蛋白)，存在23~24个氨基酸变异位点。进化分析显示该病毒序列与来自阿根廷的参考株(EPI_ISL_4082233)共处于同一子分支上。结论本研究从荣成市一起冷链进口水产关联的COVID-19聚集性疫情病例样本中测序获得13个Gamma变异株全基因组序列，及时将病毒来源指向于2021年的南美进口海鲜。本研究所采用的测序方法和分析结果可以为SARS-CoV-2的变异分析和病例溯源提供参考，也提示我们SARS-CoV-2在冷链物品表面的存活与传播能力不容小觑，有待进一步探索。

简介：摘要本研究为单中心、横断面研究，纳入2020年7月至2021年1月在上海交通大学附属第一人民医院北部院区进行维持性血液透析（MHD）患者252例，其中抗丙型肝炎病毒（HCV）抗体或HCV-RNA定量检测任一阳性者为感染HCV组（23例），两者均阴性者为未感染HCV组（229例），HCV感染率为9.1%。Logistic回归分析结果提示，糖尿病（OR=8.354，95%CI 1.021~68.380）、肾移植史（OR=12.831，95% CI 2.135~77.103）、透析器复用时间（OR=1.036，95%CI 1.016~1.056）和更换透析单位次数（OR=4.978，95%CI 1.823~13.840）是MHD患者HCV感染的独立影响因素（均P<0.05）。MHD合并HCV感染中1b型是最常见的基因型。作者认为，积极开展基于HCV基因分型的抗病毒治疗可能会改善患者的长期预后。

简介：摘要单纯疱疹病毒性脑炎常见于婴幼儿，但成人亦可患病，常表现为癫痫、精神状态异常，以及局灶性神经系统异常，如偏瘫、脑神经麻痹等症状，且预后较差。单纯疱疹病毒1型脑炎最为常见，轻症患者往往会有认知功能障碍等后遗症，重症患者的死亡风险可达70%,甚至更高。本研究总结了成人单纯疱疹病毒性脑炎相关的突变基因，依据其影响的免疫通路，归纳导致突变基因易感的原因，或将有助于系统地在免疫遗传学层面对病毒性脑炎进行鉴别诊断，为临床提供新的诊断策略和治疗方案。

简介：摘要目的探讨N-Myc下游调节基因2(NDRG2)在膀胱癌(BCa)细胞中放射抗性中的表达情况及作用。方法体外培养T24细胞，采用不同剂量的X射线(0、2、4、8、10和20 Gy)照射T24细胞，筛选最佳的X射线剂量作后续处理，建立放射抗性BCa细胞系T24/R，使用CCK-8法检测细胞毒性，分别采用流式细胞仪、transwell测定T24/R细胞和T24细胞增殖、侵袭能力的差异。Western blot检测细胞中上皮-间质转化(EMT)相关蛋白的表达。在T24/R细胞中过表达NDRG2，X射线放射剂量逐渐递增的情况下处理两组细胞，检测T24/R组(control组)和T24/R-NDRG2组中细胞生存比例，2 Gy剂量处理后检测细胞迁移能力的变化。结果X射线剂量≥2 Gy时可显著抑制细胞活力，因此选择2 Gy X射线照射作为BCa细胞毒性的最佳条件并成功建立T24/R放射抗性细胞系；凋亡检测发现在T24/R组中S期细胞数量较T24组增加[(26.49±4.5)% vs (14±2.6)%，P<0.05]；transwell检测发现，T24/R较对照组T24细胞显示出更强的迁移能力(P<0.05)，但两组细胞EMT相关蛋白的表达差异无统计学意义(P>0.05)。在放射剂量逐渐递增的情况下处理两组细胞，发现NDRG2的过表达降低了T24/R细胞放射抗性的存活率(P<0.05)和迁移能力(P<0.05)。结论BCa细胞的放射抗性是肿瘤局部复发的原因之一，上调NDRG2的表达可抑制T24细胞的放射抗性，因此可作为放射抗性BCa患者的治疗候选方案。

简介：摘要目的分析2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征，探讨广州市登革热的流行特征和病毒传播特点。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集登革热病例信息，采用荧光定量PCR检测血清标本并测定登革病毒E基因序列，运用MEGA 5.05软件构建最大相似度基因树，使用SPSS 20.0软件进行统计学分析。结果2020年广州市共报告33例登革热确诊病例，其中输入病例31例（93.94%），本地病例2例（6.06%）。相比于2016-2019年，登革热确诊病例数、总发病率和本地发病率均有明显下降，差异有统计学意义（均P<0.05）。输入病例来自东南亚地区的占90.32%（28/31）。输入病例和本地病例登革病毒E基因序列及进化分析与东南亚序列亲缘关系相近，与我国广州市近年序列关系相对较远。结论2020年我国广州市登革热本地疫情受输入病例，特别是东南亚地区输入病例影响大。本研究结果支持我国广州市登革热疫情尚未本地化，由输入病例导致的本地流行的推论。

简介：摘要目的通过对2012—2021年四川省输入性登革病毒(dengue virus, DENV)E基因序列的分析，掌握四川省输入性DENV的血清型、基因型等分子特征，为溯源提供依据。方法对2012—2021年四川省经Real time RT-qPCR检测DENV阳性的28份血清标本采用RT-PCR方法进行DENV E基因扩增及测序。利用Mega Align5.0软件对核苷酸序列和推导氨基酸序列进行比对分析，利用Mega 7.0软件绘制系统发育树。结果经RT-PCR和序列测定获得了28株DENV的E基因序列，系统进化和同源性分析表明，20株属于DENV血清型1型(DENV-1)，其中16株为基因I型(Genotype-I, G-I)，4株为基因V型(Genotype-V, G-V)；7株属于DENV血清型2型(DENV-2)，其中4株为G-I，3株为基因II型(Genotype-II, G-II)；1株属于DENV血清型3型(DENV-3)，为G-I。四川株与东南亚国家以及我国广东等地的DENV病毒株同源性最高，与病例的流行病学调查资料完全吻合。结论从分子水平证明了2012—2021年四川省输入性DENV存在3种血清型及其多种基因型，输入病例主要来源于东南亚国家。

简介：摘要目的对GI.1型札如病毒进行全基因组扩增测序尝试并开展初步分析。方法利用本研究设计的GI组札如病毒全基因组5’末端通用引物及杯状病毒3’末端引物，对本实验室保存的两株GI.1型札如病毒标本进行全基因组扩增，然后进行文库构建、上机测序及序列组装。通过BioEdit软件进行序列比对分析，采用MEGA 7.0软件构建进化树进行进化分析。结果两个标本测序质量优异，测序方法具有可行性；在全基因组（WGS）、NSP基因、VP1基因及VP2基因进化树中，均归类为GI.1型；位点变异分布于各个基因片段，但VP1基因的N端保守性较好，熵值较低；大部分基因的核苷酸突变尤其是NS3、NS5及VP1基因的核苷酸突变以同义突变为主，未形成相应氨基酸的突变。结论成功地开展了对GI.1型札如病毒全基因组扩增测序及相关进化分析，为札如病毒的检测提供了新的思路。