简介：摘要目的探讨通过宏基因组学二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征及治疗策略。方法选择2020年1月至2021年12月由惠州市中心人民医院和惠州市第一人民医院收治的26例鹦鹉热衣原体肺炎患者，收集其临床资料，包括一般情况、临床表现、实验室检查、胸部计算机断层成像、宏基因组学二代测序结果、治疗用药及预后等。结果26例患者中，20例(76.9%)有鸟或家禽接触史，发病季节以冬季[57.7%(15/26)]最多见。26例患者均出现高热、畏寒、纳差、乏力和咳嗽，21例(80.8%)出现呼吸困难，19例(73.1%)有相对缓脉，12例(46.2%)出现头痛、肌肉酸痛，7例(26.9%)有意识障碍。26例患者中，白细胞计数正常17例(65.4%)，淋巴细胞计数减少21例(80.8%)。26例患者超敏C反应蛋白、降钙素原均有升高，D-二聚体升高24例(92.3%)，天冬氨酸转氨酶升高18例(69.2%)，丙氨酸转氨酶升高15例(57.7%)。胸部计算机断层成像检查以肺实变为主要表现，20例(76.9%)为多肺叶病变，18例(69.2%)病灶主要位于肺下叶。26例患者的宏基因组学二代测序检测结果中，9例(34.6%)只检出鹦鹉热衣原体，余17例(65.4%)除检出鹦鹉热衣原体外，还检出了其他病原微生物。经过针对性抗感染治疗后，除2例因多脏器功能衰竭死亡外，其余24例均好转。结论鹦鹉热衣原体肺炎常见表现为高热、呼吸困难、相对缓脉，白细胞计数多正常，肺部影像学表现为肺实变，宏基因组学二代测序有助于疾病早期诊断，经过及时、有效的治疗后患者预后良好。

简介：摘要目的探讨拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)在产前诊断中的应用价值。方法对2018年5月至2020年12月期间采用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)进行羊水染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis，CMA)的结果进行重分析，对具有临床意义的CNVs以及非整倍体低比例嵌合的样本进行CNV-seq检测。结果对16 488例羊水CMA结果进行分析，选取343例存留羊水的DNA样本进行CNV-seq检测，检测成功率为100%。与CMA检测结果相比，完全符合314例(91.5%)，部分符合4例(1.2%)，漏检25例(7.3%)。对部分符合和漏检的病例的分析提示，CNV-seq的检测盲区为SHOX基因及AZFc区域。结论CNV-seq在产前诊断中具有准确度高、基因组覆盖度好的特点，可稳定检测低比例嵌合，适宜在临床推广，但应充分了解其局限性，针对不同人群选择最适合的产前诊断方法。

简介：摘要目的评估低深度全基因组测序技术(copy number variations sequencing，CNV-seq)在鼻骨发育不良胎儿遗传学病因中的诊断价值。方法选择2017年12月至2020年12月本院发现的217例鼻骨发育不良胎儿为研究对象，分为孤立型鼻骨发育不良组及合并其他异常组，进行CNV-Seq检测，并分析拷贝数变异(copy number variations，CNVs)的情况。结果在217例胎儿中共检出40例异常，异常率为18.4%，其中包括31例非整倍体(14.3%，31/217)和9例CNVs(4.1%，9/217)。孤立组共检出5例21三体(3.5%, 5/144)和2例临床意义未明CNVs(1.4%，2/144)。合并组检出26例非整倍体(35.6%，26/73)，包括19例21三体、6例18三体及1例13三体，另发现5例致病性CNVs(6.8%，5/73)以及2例临床意义未明CNVs(2.7%，2/73)。经卡方检验，两组差异具有统计学意义(P<0.01)。结论CNV-Seq技术对于鼻骨发育不良的胎儿的染色体异常具有较高的检出率，尤其在合并其他超声异常的病例中检出非整倍体及致病性CNVs的概率更高。

简介：摘要目的应用微阵列比较基因组杂交（Array-CGH）联合荧光定量聚合酶链反应（QF-PCR）检测分析自然流产组织，探索该联合检测手段的特点与应用，进而为自然流产发生的遗传学因素提供参考。方法采集2016年7月至2019年9月就诊于大连市妇女儿童医疗中心的345例自然流产患者的流产组织，并采用Array-CGH联合QF-PCR技术进行遗传变异情况检测，分析其检测结果。结果QF-PCR技术共检测出染色体数目异常213例，Array-CGH技术补充检出染色体结构异常24例，综合遗传学异常检出率达到68.7%（237/345），并检测出本地区常见流产组织染色体异常类型。高龄孕妇（≥ 35岁）与非高龄组（<35岁）、孕早期孕妇（<10周）与非孕早期组（≥ 10周）流产组织染色体异常发生率比较显著增高[84.43%（141/167）比53.93%（96/178）、59.42%（205/284）比9.28%（32/61）]，差异有统计学意义（P<0.01）。结论Array-CGH联合QF-PCR技术分析全面准确，互为补充。部分染色体异常在流产组织中较为常见，需重点检测分析。应对高龄孕产妇开展及时的产前遗传咨询与监测，对孕早期发生的流产警惕遗传学因素。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术在儿童细菌性脑膜炎病原诊断中的应用价值。方法回顾性分析2019年1月1日至2020年12月31日复旦大学附属儿科医院住院诊断为“细菌性脑膜炎”或“化脓性脑膜炎”或“中枢神经系统感染”的189例患儿的病原学检测结果。分别采用培养和宏基因二代测序检测方法检测细菌性脑膜炎患儿的脑脊液，分析2种检测方法病原检出率的差异。根据就诊时患儿年龄分为新生儿组（≤28日龄）和非新生儿组（>28日龄），采用χ2检验进行组间比较。以脑脊液培养为金标准，分析宏基因组二代测序技术在儿童细菌性脑膜炎诊断中的灵敏度和特异度。结果189例细菌性脑膜炎患儿中男116例、女73例。血和（或）脑脊液培养共检出76株病原菌，其中革兰阳性菌50株（65.8%），检出率较高的致病菌有无乳链球菌18株（23.7%）、大肠埃希菌17株（22.4%）、肺炎链球菌15株（19.7%）。非新生儿组革兰阳性菌感染率高于新生儿组［76.0%（38/50）比50.0%（13/26），χ2=5.24，P=0.020］。48例患儿脑脊液同时送检宏基因二代测序检测和培养，宏基因二代测序检测的病原检出率高于培养方法［20例（41.7%）比12例（25.0%），χ2=16.45，P<0.001］。脑脊液宏基因二代测序和培养检测结果的一致性为79.2%（38/48），其中同时阳性的11例患儿均检出同一种病原菌。以脑脊液培养结果为金标准，宏基因组二代测序技术在细菌性脑膜炎的诊断中的灵敏度为91.7%，特异度为75.0%。结论宏基因组二代测序技术可提高儿童细菌性脑膜炎的病原检出率，且与脑脊液培养检出结果一致性较高。在诊断细菌性脑膜炎时，尤其在疑似诊断患儿中传统病原学无法明确病原时应尽早完善宏基因二代测序检测。

简介：摘要耐药细菌感染的不断蔓延对公共卫生安全构成重要威胁，早期诊断和目标治疗是治疗成功的关键。传统细菌培养及药物敏感性检测耗时长、敏感性不高，无法满足临床诊治需求，高通量测序等分子检测技术成为新的发展方向。本文对近年来有关高通量测序在革兰阴性菌耐药诊治中的进展做一综述。

简介：摘要目的分析心房颤动（房颤）患者肠道菌群脂多糖合成功能的变化特点及其可能的作用。方法本研究为前瞻性、横断面研究。选取2016年3月至2018年12月在首都医科大学附属北京朝阳医院住院的非瓣膜性房颤患者作为房颤组，并选取同期遗传背景匹配的体检者作为对照。收集所有研究对象的临床基线资料及粪便样本，提取肠道细菌DNA，采用Illumina novaseq进行宏基因组学测序。基于宏基因组学测序数据，分析脂多糖合成过程中的同源基因簇（KEGG orthology，KO）、合成酶的编码基因及含有这些酶基因的细菌的丰度。基于LASSO分析，筛选与房颤相关的参与脂多糖合成的关键因子，并采用受试者工作特征（ROC）曲线分析、中介分析和logistic回归分析评价其在房颤发病中可能的作用。结果房颤组50例，年龄66.0（57.0，71.3）岁，男性32例（64%）。对照组50名，年龄55.0（50.5，57.5）岁，男性41例（82%）。有20个参与脂多糖合成的KO、7个脂多糖合成酶的编码基因和89个同时可编码9个脂多糖合成酶的肠道细菌在对照组与房颤组间存在差异。LASSO回归分析显示，有5个KO、3个酶基因及9个种层级物种被筛选为关键因子，其中富集在房颤组的因子包括：2个KO（K02851和K00972），3个酶基因（LpxH、LpxC和LpxK），7个种层级物种（Intestinibacterbartlettii、Ruminococcussp. JC304、Coprococcuscatus、unculturedEubacteriumsp.、Eubacteriumsp. CAG：251、Anaerostipeshadrus、Dorealongicatena）。基于上述关键因子构建回归模型，ROC曲线分析示：KO、酶基因、物种分值识别房颤的曲线下面积（AUC）和95%CI分别为0.957（0.918~0.995）、0.940（0.889~0.991）和0.972（0.948~0.997）。中介分析的结果显示，参与脂多糖合成的肠道细菌的变化可影响房颤发病，其中有35.17%是通过富集相应的KO所介导。多因素logistic回归分析结果显示，KO分值绝对值增大，房颤的发生风险增加（OR值<0.001，95%CI：<0.001~0.021，P<0.001）。结论房颤患者肠道内富集了参与脂多糖合成的细菌，其通过编码脂多糖合成酶基因，使得房颤患者脂多糖合成功能有所上调。

简介：摘要本文报道1例44岁男性患者，主因不明原因高热、头痛就诊，影像学提示右肺上叶感染，支气管肺泡灌洗液的宏基因组学下一代测序提示惠普尔养障体感染，既往有葡萄膜炎、慢性腹泻、体质量减轻、多关节痛病史，诊断惠普尔病。院内及出院后序贯抗感染治疗3月余，临床症状明显改善，继续治疗中。惠普尔养障体属于放线菌纲、放线菌目、纤维素单胞菌科，革兰阳性，可引起慢性多器官感染，肺部受累少见。该病发病率低，临床表现多样且缺乏特异性，不易早期诊断，误诊及漏诊后致死率高。支气管肺泡灌洗液的宏基因组学下一代测序有助于提高肺部感染为主的惠普尔病的诊断率。

简介：摘要宏基因组二代测序技术(mNGS)是一种无偏好、敏感性高、特异性强的分子生物学检测手段，目前已广泛应用于临床多种感染性疾病的辅助诊断，极大提高了患者的生存率和治愈率。近年来，mNGS临床应用研究的报道越来越多，本文主要就mNGS在呼吸系统感染性疾病诊疗方面的应用优势和所面临的挑战进行综述。

简介：2013年9月11日，科技部陈小娅副部长一行来到西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室检查指导工作，并听取了西南大学基础科技工作情况汇报。出席汇报会的还有向仲怀院士和学校党委书记黄蓉生、校长张卫国、党委副书记张跃光、副校长李明、副校长周常勇等。

简介：摘要目的探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组：正常组织、非小细胞肺癌组织，通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达；通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布，使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析)，组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系，通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。t检验(或Wilcoxon秩和检验)和χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。结果与对照细胞比较，NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04)，χ2＝6.370，P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02)，χ2＝1.240，P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01)，χ2＝5.360，P<0.05]的表达下调表达；NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高，在基因间区降低(χ2＝3.140，P<0.05)；NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B)；NSCLC组与对照组比较，组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35)，χ2＝8.730，P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58)，χ2＝5.470，P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05)，χ2＝7.420，P<0.05]，H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34)，χ2＝5.380，P<0.05]，H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54)，χ2＝9.270，P<0.05]，H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88)，χ2＝1.690，P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94)，χ2＝3.450，P<0.05])降低；NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01)，χ2＝5.430，P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11)，χ2＝7.890，P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05)，χ2＝1.360，P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08)，χ2＝5.440，P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01)，χ2＝3.270，P<0.05]下调表达(P<0.05)。结论组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关，组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响，甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。

简介：摘要人工全膝关节置换(TKA)术后布鲁氏杆菌感染的情况比较少见，术后感染的诊断有时候比较困难，尤其是病原菌的培养阳性率低，可能对治疗带来一定的干扰和延误。我们将介绍1例膝关节置换术后感染，宏基因组检测(mNGS)确定病原菌为布氏杆菌，后行假体取出旷置以及翻修手术。

简介：摘要Q热心内膜炎的致病菌为贝纳特柯克斯体，其存在临床诊断困难且治疗疗程长的问题，目前血清学抗体滴度检测仍是Q热心内膜炎主要诊疗手段。本文报道1例应用宏基因组二代测序方法协助确诊病例，但在如何精确治疗时间，评价治疗效果方面仍存在困惑，期待更多证据为这类患者制定更为精确的治疗方案。

简介：无

简介：摘要新生儿感染性疾病是全球新生儿死亡的主要原因，由于新生儿免疫系统发育不完全，其致病因素较成人更为复杂，临床表现更多样。早期、快速、全面地明确感染病原体，对于临床进行及时有针对性的治疗，减少患儿并发症和降低死亡率有重要的意义。传统的病原体检测方法存在检测通量小、耗时长和筛查目标单一的缺点。随着高通量测序技术的发展，宏基因组测序技术在新生儿感染性疾病病原体检测中的应用日益广泛，不仅能高效准确地获得样本中病原体的遗传信息，还可挖掘病原体与宿主菌群之间的关系。特别是对于疑难感染性疾病的诊断具有重要参考价值。本文主要对宏基因组测序在新生儿感染性疾病病原体检测中的最新研究进展和应用进行阐述。

简介：摘要宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。

简介：

简介：摘要骨桥蛋白指的是在类骨质中由基质细胞产生的骨特异的、含唾液酸的蛋白质，其在细胞与基质无机物之间起到桥连作用，可与细胞外基质中的结构糖蛋白结合1。在心脏平滑肌形成粥样斑块时升高。

简介：摘要：弓形虫脑炎（ＴＥ）是艾滋病（ＡＩＤＳ）患者 最 常见的神经系统机会性感染之一，病死率高，临床表现无特异性，确诊的金标准为脑活检，该操作有一定风险，临床实用性较低。本研究旨在探索脑脊液宏基因组二代测序在艾滋病患者合并弓形虫脑炎诊断中的应用。本文分析 1例艾滋病（AIDS）合并弓形虫脑炎患者临床表现及诊疗经过，后结合脑脊液mNGS技术早期诊断及成功抗感染治疗后好转出院。该病例提示在免疫缺陷合并中枢神经系统感染的患者中，应用mNGS辅助早期诊断提供了一种新的方法。

简介：腺相关病毒(AAV,AdenoassociatedVirus)是一类线状单股DNA的微小病毒。腺相关病毒因共具有定点整合(19q13qter)及非病原性等特点而在基因转移与治疗中可望作为较为理想的载体。其在宿主染色体DNA上的整合需要辅助病毒共转染。根据Cavalier-Smith的线状SSDNA分子复制模式,即复制过程中3′OH端作为引物在DNA聚合酶的作用下合成另一姊妹股DNA分子,然后共价地连接到亲代未折叠的5′端回纹末端而进行DNA复制。本文