简介：为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G＋C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。

简介：我国家蚕基因组研究再获重大突破，研究成果再登《science》杂志，影响广泛。本刊特设专栏刊发该论文中文译文以及相关评述，以满足广大读者的需求。

简介：摘要目的对3例无焦痂恙虫病患儿的病原宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析，探讨其在临床的应用价值。方法回顾性分析。2018年6月至2019年10月温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院收治的3例重症无焦痂儿童恙虫病的临床资料，2例为5岁男童，1例为6岁女童。3例患儿的外周血均进行mNGS检测。结果3例患儿经mNGS检测后均提示恙虫病东方体感染，且未并其他病原感染。例1死亡，例2和例3治愈出院。结论无焦痂恙虫病患儿早期诊断困难。对于临床感染性疾病，特别是早期无法确诊的疑难危重性感染性疾病，mNGS能够提供快速准确的病原学诊断支持，为精准治疗提供帮助。

简介：文叙述了加拿大一次结核爆发事件的流行病学研究成果。除了传统的流行病研究方法——社会网络调查之外，研究者还利用了分子流行病学的技术——基因组测序方法，找出此次爆发结核杆菌的流行病学特点：很可能是精制可卡因的使用增多触发了两个现存的结核分枝杆菌谱系的同时扩展，而高危社交网络的关键成员则起了维持作用。流行病学与基因组学的结合也预示着未来“分子流行病学”的发展趋势。

简介：摘要目的了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒，通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增，采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析，采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果进化分析显示：在全基因组、P1区、P2区及P3区系统进化树上：毒株HS312/QD/CHN/2013和HS605/QD/CHN/2014与国内早期分离株共处同一分支；毒株FY218/QD/CHN/2015与2013年江苏温州分离株CV-A4/P1033/2013/China一起在各基因进化树上形成一独立分支；毒株HS144/QD/CHN/2014在P1区进化树上与HS312/QD/CHN/2014、HS605/QD/CHN/2014及国内早期分离株共处同一分支，但在全基因组、P2区及P3区进化树上各形成单一分支。重组分析提示：毒株HS144/QD/CHN/2014与2013年大陆流行的CVA2型毒株CV-A2/P373/2013/China在2C区～3D区间(5 081～7 301)发生基因重组；毒株FY218/QD/CHN/2015与毒株CV-A4/P1033/2013/China同源，都与CVA2型分离株CV-A2/P373/2013/China在2A区～2B区间(3 821～4 161)发生基因重组。结论青岛地区流行的CVA4在全基因组层面有明显的遗传多样性。

简介：目的:系统评价我国癫痫患者相关基因的研究现状,为癫痫疾病的诊治提供循证医学证据参考。方法:计算机检索CBM,CNKI,VIP和万方等数据库,检索时间为自建库至2017年10月。纳入评价癫痫疾病相关基因的文献,总结与癫痫患者发病、诊断、治疗和预后的相关基因,对研究的结果进行描述性分析。结果:共纳入175篇文献,发表时间为1999–2016年。筛选出相关基因85种。文献类型主要为:基因与疾病的关系(n=81),基因与耐药性的关系(n=37),基因与血药浓度的关系(n=27),基因与药物疗效的关系(n=11),基因与不良反应的关系(n=9),基因定位或测序(n=6),基因与药物剂量的关系(n=2),相关基因的分布频率与癫痫(n=2)。筛选出相关基因85种,研究结果有55.4%(97/175)阳性结论,31.4%(55/175)阴性结论,2.3%(4/175)不确定结论,另外有8篇文献研究结果为一个阴性,一个阳性结果,有2篇文献研究结果为一个阴性结果,一个不确定结论。结论:癫痫药物基因学的研究众多,关于研究的基因类型复杂多样,涉及的内容主要有基因与疾病,基因与药物以及基因自身的定位测序等。关于基因与药物的疗效和安全性有待更深入的研究。

简介：摘要华法林作为最常用的口服抗凝药之一，广泛用于防治血栓栓塞性疾病。但因其治疗窗较窄，治疗剂量个体差异大，如何安全有效地使用华法林一直是国内外研究者关注的热点和难点。虽然近年来陆续推出一些新型口服抗凝药（如利伐沙班、阿哌沙班、达比加群等），但因诸多因素限制未能在临床广泛应用。与此同时，关于华法林药物基因组学的研究发现，与华法林药代学和药效学相关的基因多态性在很大程度上决定了其治疗剂量的个体差异；基于药物基因组学的华法林剂量预测模型也逐步被建立以指导个体化用药。现就华法林的药物基因组学及其临床应用作一综述。

简介：目前肿瘤的药物治疗仍主要依据各种用药指南和医生的临床经验。同样病症的不同患者使用相同的药物后常表现出明显的疗效差异，副作用亦千差万别，这一直是困扰临床用药并影响肿瘤治愈率的重大问题。随着分子生物学技术和人类基因组研究的飞速发展，人们期望药物基因组学的应用能真正崛起解决这一难题。

简介：世界主栽茶树分属两个变种,即中国种和阿萨姆种。中国种叶小,分布广泛,适合制作绿茶等六大类茶;阿萨姆种叶大,主要分布在热带和冬季温暖的亚热带地区,适合制作红茶和普洱茶。安徽农业大学宛晓春教授研究团队,联合深圳华大基因和中国科学院国家基因研究中心等相关研究团队,以国家级茶树品种舒茶早（中国种）为材料用二代和三代测序技术对其进行测序,采采取杂合组装策略,获得覆盖基因组93%区域的高质量序列草图,注释出33932个高可信度的茶树基因.

简介：目的探讨尸检老年不同年龄肝组织基因组DNA含量变化。方法选取低温（-80℃）保存尸检的新鲜肝组织样本37例,提取基因组DNA,并按照年龄分为4组：≤65（51.5±15.6）岁组6例,66～79（76.3±2.2）岁组8例,80～89（86.4±1.8）岁组11例,≥90（93.3±4.1）岁组12例,包括2例百岁老人,用紫外光谱法测定DNA含量并进行分析比较。结果（1）80～89岁组DNA含量（0.310±0.286）mg/ml,分别与≤65岁组DNA含量（1.665±0.529）mg/ml、66～79岁组DNA含量（1.393±0.424）mg/ml、≥90岁组DNA含量（1.147±0.333）mg/ml相比,均差异有统计学意义（P〈0.001）,提示80～89岁组DNA含量明显降低;（2）≤65岁、66～79岁、≥90岁3组DNA含量比较,差异无统计学意义（P〉0.05）,但基因组DNA含量有随龄逐渐降低的趋势;（3）≥90岁组DNA含量比80～89岁组DNA含量高。结论（1）人肝组织基因组DNA含量随年龄的增长而降低,表明在衰老过程中,DNA的改变不仅表现在质的方面,在含量上也有所变化;（2）≥90岁组基因组DNA含量出现略有增高的现象。

简介：摘要目的基于全基因组测序数据，通过内源性激活期间菌株基因组突变分析，开展结核分枝杆菌（MTB）分子钟研究。方法筛选MTB内源性激活全基因组研究文献，下载全基因组测序数据，提取初治-复发配对样本单核苷酸多态性（SNP）差异和菌株分离时间，运用Poisson回归模型拟合初治-复发时间间隔与差异SNP的关系，计算MTB分子钟，估算突变率。结果若MTB传代时间为18 h，0~2年短期内源性激活突变率为6.47×10-10（95%CI：5.59×10-10~7.44×10-10），明显高于2~14年长期内源性激活突变率（3.27×10-10，95%CI：2.88×10-10~3.69×10-10）。0~、1~、2~、3~、5~、7~14年突变率分别为7.10×10-10、6.06×10-10、4.24×10-10、5.34×10-10、2.59×10-10、1.26×10-10。结论内源性激活复发期间，MTB突变率随初治-复发时间间隔增加而下降，本研究从微观层面验证了临床实践观察到的初治结核病2年内易复发现象。

简介：摘要新生儿筛查是降低出生缺陷三级预防体系中重要的一环，传统的新生儿筛查以遗传代谢病为主，筛查病种有一定局限性，需要基因检测进一步验证和精准分型。在生化代谢物筛查的基础上开展基因筛查已成为今后新生儿筛查的趋势。本文结合国际国内新生儿基因组筛查的现状，基于致病基因结构的特点，提出了“SNV Plus”（单核苷酸变异检测+）和“CNV Plus”（拷贝数变异检测+）理念，期待发展一种能同时检测SNV和CNV的基因结构的新技术，提高新生儿基因组筛查水平。

简介：摘要

简介：摘要目的分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)分离株全基因组序列特征。方法收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本，通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型，分为4个不同的分支，其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支；全基因组序列表明，3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%～100%和100%，与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%～0.57%和0.08%～0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%～100%和99.62%～100%，与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为：与hd9 98.60%～99.50%和99.75%～99.92%；与MNA12-001 98.45%～99.32%和99.71%～99.87%)。9条HAV序列在已发表的抗原中和位点处未发生改变，未发现重组，选择压力分析表明处于负向选择。结论我国存在多株HAV流行株；9条HAV氨基酸序列在主要抗原中和位点处很保守。

简介：摘要冠心病本身是一种多因素疾病，发生和发展除了受到高血脂，高血压，糖尿病，吸烟，肥胖等传统危险因素的影响外，基因对冠心病的风险起了重要的作用，这一影响在家族史阳性的早发冠心病患者中尤其明显。近年来，通过全基因组关联分析已经发现将近60个单核苷酸位点与冠心病风险相关，但对于基因的功能了解仍然有限。

简介：随着基因检测和基因组解析技术的进步，耳聋相关基因研究和基因诊断进入高速发展的新阶段，对于遗传性耳聋的认识发生了革命性的变化和思考，越来越多的人将借助基因检测技术获得疾病的早期筛查和诊断。我们正走进一个能够应用基因组检测进行临床实践的新医学时代，耳聋的遗传咨询是新医学时代的产物。本文依据常见的耳聋遗传咨询问题和临床实践，梳理了对于耳聋遗传咨询的认识，为实践提供指导和帮助。

简介：摘要目的临床麻醉中麻醉药及其辅助用药的治疗个体化差异备受关注。目前,更多的研究在于阐明麻醉药物与转运蛋白、作用靶点和代谢酶的基因多态性之间的关系,并发现麻醉药物的药效学及药动学与相关基因多态性存在密切联系，从而为患者提供更加合理的麻醉用药使其安全平稳的度过手术期。

简介：

简介：摘要神经退行性疾病为一组不明原因的中枢及周围神经系统慢性进行性损害性疾病，包括阿尔兹海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症、额颞叶痴呆等，其发病主要与老龄化、遗传及环境等因素有关。越来越多的证据表明，线粒体功能障碍与神经退行性疾病的发生密切相关，其中线粒体基因的点变异、插入缺失变异以及拷贝数变异等扮演着重要的角色。本文就近年来线粒体基因变异与神经退行性疾病发病的相关研究进行综述，以期为这类疾病的发生机制、诊断及新药研发提供思路。

简介：为了探明烟草脉带花叶病毒危害和流行的机制,使用RT-PCR技术扩增获得TVBMV云南分离物YN9.1基因组全序列,并进行了基因组结构、序列同源性、氨基酸保守基序、系统进化和重组分析。结果表明：（1）YN9.1基因组具有Potyvirus属病毒典型特征,含有在Potyvirus属病毒中较为少见的NIb/CP切割位点Q/N;（2）YN9.1与其它分离物核苷酸序列同源性为90.5-91.1%,氨基酸序列同源性为95.2-96.2%。与YND核苷酸和氨基酸序列同源性最高;（3）对HC-Pro和CP保守基序进行了分析。YN9.1具有RITC、PTK、DAG等病毒蚜虫传播保守基序,其中RITC在Potyvirus属病毒中常见形式为KITC;（4）系统进化树分析结果显示,TVBMV进化形成2个组,云南分离物独立进化形成一组,TVBMV进化与地域具有明显的相关性;（5）重组分析发现PY为ZC1和YN的组内重组体,重组位点位于HC-Pro3’末端和NIb5’端。